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- PDB-6q0p: P. mirabilis hemolysin A mutant - Y134S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q0p
タイトルP. mirabilis hemolysin A mutant - Y134S
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / hemolysin / two-partner secretion / beta-helix / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.542 Å
データ登録者Weaver, T.M. / Novak, W.R.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1050435 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1434473 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the HpmA265 Q125A variant
著者: Weaver, T.M. / Novak, W.R.P. / Grilley, D.P. / Wimmer, M.R. / Woods, C.N. / Bhattacharyya, B.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4031
ポリマ－25,4031
非ポリマー00
水3,099172
1
A: Hemolysin

A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8062
ポリマ－50,8062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.742, 34.116, 68.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.100, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin


分子量: 25403.025 Da / 分子数: 1 / 変異: Y134S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: hpmA / プラスミド: pET24+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P16466
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.542→33.749 Å / Num. obs: 39365 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.542→1.59 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3391 / Rpim(I) all: 0.413 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W8Q

4w8q


解像度: 1.542→33.749 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 2000 5.08 %
Rwork0.1834 37348 -
obs0.1848 39348 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.63 Å2 / Biso mean: 29.9841 Å2 / Biso min: 13.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.542→33.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 0 172 1892
Biso mean---38.97 -
残基数----234
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.542-1.58030.24251140.2687211578
1.5803-1.62310.29751460.2452272499
1.6231-1.67080.26221420.2651266298
1.6708-1.72480.28171430.2408266698
1.7248-1.78640.25361420.2171265497
1.7864-1.85790.21871420.202265696
1.8579-1.94250.2181400.198262497
1.9425-2.04490.21621440.1964269298
2.0449-2.1730.22351430.1889266998
2.173-2.34070.20131450.1805270498
2.3407-2.57620.19611470.1955274499
2.5762-2.94880.2181480.19492766100
2.9488-3.71440.20871510.16672809100
3.7144-33.7490.19061530.1538286399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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