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万見
- PDB-4w8t: Crystal structure of truncated hemolysin A Q125S from P. mirabili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8t
タイトルCrystal structure of truncated hemolysin A Q125S from P. mirabilis at 1.5 Angstroms resolution
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / hemolysin / two partner secretion / beta solenoid / beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.539 Å
データ登録者Novak, W.R.P. / Glasgow, E. / Thompson, J.R. / Weaver, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1050435 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of truncated hemolysin A Q125S from P. mirabilis at 1.5 Angstroms resolution
著者: Novak, W.R.P. / Glasgow, E. / Thompson, J.R. / Weaver, T.M.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_mutation
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年10月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4381
ポリマ－25,4381
非ポリマー00
水4,630257
1
A: Hemolysin

A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8762
ポリマ－50,8762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.593, 34.156, 67.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.02, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-339-

HOH

31A-390-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin


分子量: 25438.072 Da / 分子数: 1 / 変異: Q125S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: hpmA / プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16466
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM citrate pH 5.5, 100 mM NaCl, PEG 4000 (8 - 16%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.539→25.5 Å / Num. obs: 40088 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.539→25.493 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 1943 5.05 %Random
Rwork0.1674 ---
obs0.1685 38500 95.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.539→25.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1723 0 0 257 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1562413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.328634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5386-1.57710.27551210.2532209X-RAY DIFFRACTION82
1.5771-1.61970.26981350.22682439X-RAY DIFFRACTION90
1.6197-1.66730.22051330.21552411X-RAY DIFFRACTION90
1.6673-1.72110.25721400.21332543X-RAY DIFFRACTION93
1.7211-1.78260.23081320.1992547X-RAY DIFFRACTION94
1.7826-1.8540.22971370.18792620X-RAY DIFFRACTION96
1.854-1.93840.21291380.18132618X-RAY DIFFRACTION96
1.9384-2.04050.18611390.17032672X-RAY DIFFRACTION98
2.0405-2.16830.19611410.17172681X-RAY DIFFRACTION99
2.1683-2.33560.20011430.16642698X-RAY DIFFRACTION99
2.3356-2.57040.18971430.18152727X-RAY DIFFRACTION99
2.5704-2.94190.17851450.17572758X-RAY DIFFRACTION100
2.9419-3.70470.18411460.1462785X-RAY DIFFRACTION100
3.7047-25.49690.15161500.14242849X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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