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- PDB-6pzq: Structure of the human respiratory syncytial virus M2-1 protein i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pzq
タイトルStructure of the human respiratory syncytial virus M2-1 protein in complex with a short positive-sense gene-end RNA
要素
  • Matrix M2-1
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*AP*AP*U)-3')
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/RNA / HRSV M2-1 RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / METAL BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral transcription / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...regulation of viral transcription / symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / transcription antitermination / virion component / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Protein M2-1
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Gao, Y. / Cao, D. / Liang, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01GM130950 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the Human Respiratory Syncytial Virus M2-1 Protein in Complex with a Short Positive-Sense Gene-End RNA.
著者: Gao, Y. / Cao, D. / Pawnikar, S. / John, K.P. / Ahn, H.M. / Hill, S. / Ha, J.M. / Parikh, P. / Ogilvie, C. / Swain, A. / Yang, A. / Bell, A. / Salazar, A. / Miao, Y. / Liang, B.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix M2-1
B: Matrix M2-1
C: Matrix M2-1
D: Matrix M2-1
I: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*AP*AP*U)-3')
J: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*AP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,54010
ポリマ－93,2786
非ポリマー2624
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.750, 94.750, 199.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Matrix M2-1 / Envelope-associated 22 kDa protein


分子量: 22216.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / 遺伝子: M2-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04545
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*AP*AP*U)-3')


分子量: 2206.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.703→94.75 Å / Num. obs: 25701 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.3 % / Biso Wilson estimate: 89.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.703→2.85 Å / 冗長度: 26 % / Num. unique obs: 3673 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3B

4c3b


解像度: 2.703→63.517 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 1279 5 %
Rwork0.2249 24312 -
obs0.2281 25591 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 211.15 Å2 / Biso mean: 104.4578 Å2 / Biso min: 36.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.703→63.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5039 272 4 14 5329
Biso mean--99.23 70.53 -
残基数----633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0175422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.477348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0983335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.703-2.81130.38971390.30542637100
2.8113-2.93920.36451390.28852652100
2.9392-3.09420.39251400.27412654100
3.0942-3.2880.33751400.26762657100
3.288-3.54190.39441410.26972686100
3.5419-3.89830.3061410.22422681100
3.8983-4.46220.22941440.19042723100
4.4622-5.62140.27131450.2023274099
5.6214-63.5170.26421500.223288299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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