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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pzq | ||||||
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タイトル | Structure of the human respiratory syncytial virus M2-1 protein in complex with a short positive-sense gene-end RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL BINDING PROTEIN/RNA / HRSV M2-1 RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / METAL BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component ...regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component / transcription antitermination / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, Y. / Cao, D. / Liang, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure of the Human Respiratory Syncytial Virus M2-1 Protein in Complex with a Short Positive-Sense Gene-End RNA. 著者: Gao, Y. / Cao, D. / Pawnikar, S. / John, K.P. / Ahn, H.M. / Hill, S. / Ha, J.M. / Parikh, P. / Ogilvie, C. / Swain, A. / Yang, A. / Bell, A. / Salazar, A. / Miao, Y. / Liang, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pzq.cif.gz | 263.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pzq.ent.gz | 212.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pzq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4c3bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22216.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス) 株: A2 / 遺伝子: M2-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04545 #2: RNA鎖 | 分子量: 2206.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.703→94.75 Å / Num. obs: 25701 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.3 % / Biso Wilson estimate: 89.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.703→2.85 Å / 冗長度: 26 % / Num. unique obs: 3673 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C3B 解像度: 2.703→63.517 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 211.15 Å2 / Biso mean: 104.4578 Å2 / Biso min: 36.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.703→63.517 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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