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万見
- PDB-6pzj: Structure of the N-terminal domain (residues 43-304) of Methyl-ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pzj
タイトルStructure of the N-terminal domain (residues 43-304) of Methyl-accepting chemotaxis protein from Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Copenhageni (strain Fiocruz L1-130)
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / : / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain ...Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / : / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of CACHE domain of the McpA chemoreceptor from Leptospira interrogans.
著者: Santos, J.C. / Vieira, M.L. / Abendroth, J. / Lin, T. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Nascimento, A.L.T.O.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8294
ポリマ－31,6701
非ポリマー1603
水3,981221
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6598
ポリマ－63,3392
非ポリマー3196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4390 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.090, 72.090, 116.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 31669.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni (strain Fiocruz L1-130) (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: mcpA, LIC_12921 / プラスミド: LpinA.18975.a.B2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72NB4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen A7: 20% (w/V) PEG 8000, 100mM CHES / NaOH pH 9.5: LpinA.18975.a.B2.PW38653 at 19.51mg/ml: cryo: 20% EG in 2 steps: tray 310977 a7: puck hqx5-3. For phasing: ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen A7: 20% (w/V) PEG 8000, 100mM CHES / NaOH pH 9.5: LpinA.18975.a.B2.PW38653 at 19.51mg/ml: cryo: 20% EG in 2 steps: tray 310977 a7: puck hqx5-3. For phasing: Microlytic MCSG1 screen condition H3: 20% (w/V) PEG 3350, 200mM Lithium acetate: LpinA.18975.a.B2.PW38653 at 19.51mg/ml. A crystal from this condition was soaked for 15sec in a mix of 90% reservoir and 10% 2.5M NaI in EG, and for another 15sec in a mix of 80% reservoir and 20% 2.5M NaI in EG, and flash frozen for in-house data collection: tray 310978 h3: puck hqx5-12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2019年7月18日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2019年7月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rigaku VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.75→38.416 Å / Num. obs: 31892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.48 % / Biso Wilson estimate: 32.859 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 30.66 / Num. measured all: 366117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.87.9580.5993.1818455232023190.8750.641100
1.8-1.8410.090.4734.8922653224522450.9410.499100
1.84-1.911.8080.3796.8725990220122010.970.396100
1.9-1.9612.1990.289.5425972212921290.9830.293100
1.96-2.0212.1630.21412.5125201207220720.990.223100
2.02-2.0912.1780.17215.2624295199519950.9940.18100
2.09-2.1712.1440.12620.3323608194419440.9960.132100
2.17-2.2612.1360.10723.7722730187318730.9970.111100
2.26-2.3612.1630.08828.1321674178217820.9980.092100
2.36-2.4712.0810.07233.3920900173017300.9990.075100
2.47-2.6112.0670.06337.5619814164216420.9990.066100
2.61-2.7712.0060.05442.918909157515750.9990.056100
2.77-2.9611.9720.04649.9517443145714570.9990.048100
2.96-3.211.8230.03858.5916387138613860.9990.039100
3.2-3.511.6480.03265.46148741277127710.034100
3.5-3.9111.5710.02869.92134341161116110.029100
3.91-4.5211.3380.02674.69119161051105110.027100
4.52-5.5311.2430.02474.621008589789710.025100
5.53-7.8310.7650.02472.33770871671610.025100
7.83-38.4169.2480.02369.12406944944010.02498

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3500)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→38.416 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.09
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 1984 6.23 %0
Rwork0.1652 ---
obs0.1677 31821 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.61 Å2 / Biso mean: 32.9902 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→38.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2132 0 9 223 2364
Biso mean--43.73 44.15 -
残基数----264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9323052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2241326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.75-1.79380.28661440.21892097
1.7938-1.84230.22871310.19582079
1.8423-1.89650.24041350.18282118
1.8965-1.95770.22831490.1772066
1.9577-2.02770.21791300.17492099
2.0277-2.10890.20861370.17722114
2.1089-2.20480.21151290.16872117
2.2048-2.32110.2081220.1682137
2.3211-2.46650.20381470.16892102
2.4665-2.65690.21571560.17092115
2.6569-2.92410.21771440.1692148
2.9241-3.34710.20991560.16532129
3.3471-4.21610.17941480.14592199
4.2161-38.40.19541560.16082317
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1855-5.98610.81887.6249-0.82941.68660.08220.04150.1534-0.1047-0.08060.1518-0.154-0.1577-0.00620.1872-0.0389-0.02510.1814-0.0390.1768-6.029410.574631.3803
22.28270.48691.09642.5877-0.26073.6947-0.00270.0781-0.30530.02730.1323-0.31870.14730.4131-0.10840.15040.01130.01420.2171-0.05830.229616.8404-3.307628.7532
33.61420.460.87112.33821.96684.481-0.06610.3580.0388-0.02560.1502-0.511-0.18810.73620.010.1682-0.03030.03310.3147-0.03970.319622.44884.975828.9013
42.7926-0.32440.53883.82940.12162.0854-0.0049-0.08130.04890.0810.0111-0.40840.04720.2041-0.03020.1522-0.0128-0.01580.2093-0.02940.192413.36287.515137.8559
53.1061-2.64120.55644.6249-0.79751.74830.27110.24970.1506-0.5217-0.1486-0.0222-0.2236-0.0338-0.05020.2259-0.0079-0.00110.17020.00450.15181.171219.938828.2208
62.5057-1.334-0.17563.43150.23181.88080.0218-0.13190.30190.04950.02580.1235-0.3740.013-0.00520.2362-0.01-0.00830.1746-0.0340.1616-3.237624.348638.225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 72 )A37 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 114 )A73 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 151 )A115 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 198 )A152 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 238 )A199 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 239 through 300 )A239 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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