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- PDB-6pz0: Crystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pz0
タイトルCrystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and L-Tyrosine
要素iodotyrosine deiodinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / dehalogenase / thermophile / halotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine binding / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / tyrosine metabolic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / TYROSINE / Iodotyrosine deiodinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana DSM 4359 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sun, Z. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The minimal structure for iodotyrosine deiodinase function is defined by an outlier protein from the thermophilic bacterium Thermotoga neapolitana.
著者: Sun, Z. / Xu, B. / Spisak, S. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iodotyrosine deiodinase
B: iodotyrosine deiodinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,27312
ポリマ－45,7852
非ポリマー1,48810
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.886, 81.815, 103.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 iodotyrosine deiodinase / IYD


分子量: 22892.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana DSM 4359 (バクテリア)
株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: CTN_0569 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9K712, iodotyrosine deiodinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 4.5, 3 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→35.67 Å / Num. obs: 34678 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.845.90.2241158419650.9730.0990.2455.197.7
8.99-35.6760.04820223360.9970.0210.05225.398.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5K08

5k08


解像度: 1.8→35.669 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 18.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 1761 5.09 %
Rwork0.1494 --
obs0.1519 34620 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.14 Å2 / Biso mean: 23.8478 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 148 385 3622
Biso mean--15.34 31.15 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2334486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3331308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.84740.22381270.1618244298
1.8474-1.90180.20321430.14972483100
1.9018-1.96320.24951460.15762482100
1.9632-2.03330.23341340.15422478100
2.0333-2.11470.23691030.14792538100
2.1147-2.2110.18891260.14242519100
2.211-2.32750.21711400.14252499100
2.3275-2.47330.19971340.14852513100
2.4733-2.66420.2251490.15582523100
2.6642-2.93220.1961380.16732520100
2.9322-3.35620.19931400.15652553100
3.3562-4.22740.15511300.13142600100
4.2274-35.6690.17611510.15042709100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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