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- PDB-5k08: RecA mini intein-Zeise's salt complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k08
タイトルRecA mini intein-Zeise's salt complex
要素RecA mini intein
キーワードHYDROLASE / cisplatin / Zeise's salt / inhibitor / intein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / LAGLIDADG-like domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / LAGLIDADG-like domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Beta Complex / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / Trichloro(ethene)platinate(II) / Protein RecA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Li, Z. / Li, H.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM44844 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA039442 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural insights into protein splicing inhibition by platinum therapeutics as potential anti-microbials
著者: Chan, H. / Pearson, S. / Green, C.M. / Li, Z. / Zhang, J. / Lippard, S. / Belfort, G. / Shekhtman, A. / Li, H.M. / Belfort, M.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecA mini intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6735
ポリマ－15,6681
非ポリマー1,0054
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.687, 63.930, 37.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RecA mini intein


分子量: 15667.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHJ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZPT / Trichloro(ethene)platinate(II) / Zeise's salt


分子量: 329.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4Cl3Pt
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 54%-59% (w/v) ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 2 mM Zeise's salt, 2 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.07136 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07136 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 27687 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 17.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 2.735 / Net I/av σ(I): 58.569 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 373588
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.4210.40.913196
1.42-1.4510.90.805196.6
1.45-1.4811.40.71198.4
1.48-1.51120.61199
1.51-1.5412.90.521199.9
1.54-1.5813.80.4771100
1.58-1.6214.20.4311100
1.62-1.6614.30.3651100
1.66-1.7114.40.3031100
1.71-1.7614.40.2461100
1.76-1.8314.40.1951100
1.83-1.914.40.1521100
1.9-1.9914.30.1261100
1.99-2.0914.40.1011100
2.09-2.2214.40.0921100
2.22-2.3914.40.0851100
2.39-2.6314.30.0821100
2.63-3.0214.20.0741100
3.02-3.813.70.066199.9
3.8-10012.30.071198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5I0A

5i0a


解像度: 1.401→32.222 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 3748 7.24 %
Rwork0.18 --
obs0.1822 51783 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 29.2933 Å2 / Biso min: 14.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.401→32.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 18 127 1248
Biso mean--58.88 38.51 -
残基数----142
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3264-1.098-1.83613.15842.99549.92550.06140.01820.169-0.2508-0.03710.1008-0.5049-0.0949-0.04380.1828-0.0415-0.02990.1196-0.00450.1972-21.5459.9764-4.8205
21.85371.13330.04285.7937-0.72946.1273-0.09420.12960.1824-0.17020.06780.0772-0.25180.35580.04890.1947-0.0331-0.02940.132-0.01790.1548-15.783412.4183-1.9368
31.8151-0.9367-0.5196.7551-2.03395.8656-0.00070.10510.0773-0.7463-0.03670.2275-0.28150.32260.05550.261-0.0329-0.04410.14-0.01590.1278-17.99063.2717-16.5602
45.716-2.37523.0049.3479-5.83712.02080.09390.4419-0.1996-0.5142-0.2387-0.43860.07760.86310.19030.2190.01810.0310.2763-0.03790.1522-8.295-2.126-11.4426
54.3433-0.8909-0.35959.33093.11854.42630.05870.4563-0.3562-0.3169-0.01380.09320.52890.1407-0.0730.21580.0389-0.0520.1331-0.02920.176-15.4128-7.3079-10.0137
61.94950.5536-1.07443.99011.08389.55970.0951-0.0026-0.09860.1668-0.11130.55660.549-0.5933-0.0150.18530.0024-0.00860.1415-0.01850.2735-20.69-6.2134-5.6405
70.70630.42531.99591.33641.99246.674-0.27160.34580.1165-0.63850.19840.0472-1.01760.4406-0.02750.452-0.0802-0.02050.23880.0230.1944-15.156211.0276-15.6984
82.02516.69358.14628.32196.17392.0265-0.61010.2660.1927-0.26470.3621-0.0011-0.49780.50850.18890.2407-0.0522-0.00540.2857-0.00660.1712-10.36267.47770.3135
98.0905-3.29462.287.75181.18258.7141-0.29060.25750.8726-0.35520.2507-0.6954-0.69370.8837-0.02230.3263-0.06370.00120.2241-0.00420.2572-11.25455.8273-6.589
102.00022.00012.00012.0002220.36791.402-0.64190.476-1.20280.74860.3716-3.72960.8350.5109-0.21910.12640.8277-0.14540.9157-2.98763.0005-4.3164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 50 )A16 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 69 )A51 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 86 )A70 - 86
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 87 through 96 )A87 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 97 through 413 )A97 - 413
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 414 through 425 )A414 - 425
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 426 through 433 )A426 - 433
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 434 through 443 )A434 - 443
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C'C1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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