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- PDB-6py8: Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6py8
タイトルCrystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
  • Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / NOTCH1 / NRARP / RBPJ / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Notch signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / somite rostral/caudal axis specification / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process ...negative regulation of Notch signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / somite rostral/caudal axis specification / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / Defective LFNG causes SCDO3 / negative regulation of T cell differentiation / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / retinal cone cell differentiation / venous endothelial cell differentiation / sebaceous gland development / arterial endothelial cell differentiation / cardiac chamber formation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / endocardium morphogenesis / atrioventricular node development / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / aortic valve development / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of transcription of Notch receptor target / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / cardiac left ventricle morphogenesis / mesenchymal cell development / epidermal cell fate specification / coronary vein morphogenesis / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac vascular smooth muscle cell development / pituitary gland development / negative regulation of myotube differentiation / somatic stem cell division / left/right axis specification / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cell adhesion molecule production / interleukin-17-mediated signaling pathway / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / atrioventricular canal development / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of catalytic activity / hair follicle maturation / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / myeloid dendritic cell differentiation
類似検索 - 分子機能
LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain ...LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / LNR domain / Domain of unknown function DUF3447 / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Trefoil / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Recombining binding protein suppressor of hairless / Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Jarrett, S.M. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35 CA220340 米国
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2019
タイトル: Extension of the Notch intracellular domain ankyrin repeat stack by NRARP promotes feedback inhibition of Notch signaling.
著者: Jarrett, S.M. / Seegar, T.C.M. / Andrews, M. / Adelmant, G. / Marto, J.A. / Aster, J.C. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / computing / entity / entity_poly / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _cell.Z_PDB / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._cell.Z_PDB / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_strand_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id
改定 2.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
G: Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
A: DNA
X: DNA
D: DNA
Y: DNA
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
E: Recombining binding protein suppressor of hairless
F: Neurogenic locus notch homolog protein 1
K: Neurogenic locus notch homolog protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,37410
ポリマ－226,37410
非ポリマー00
水00
1
B: Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
A: DNA
D: DNA
E: Recombining binding protein suppressor of hairless
F: Neurogenic locus notch homolog protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1875
ポリマ－113,1875
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area41670 Å2
手法PISA
2
G: Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein
X: DNA
Y: DNA
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
K: Neurogenic locus notch homolog protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1875
ポリマ－113,1875
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area41140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.880, 103.650, 301.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Notch-regulated ankyrin repeat-containing protein


分子量: 12505.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6K4
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 5002.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 4793.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / CBF-1 / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa / RBP-JK / Renal carcinoma ...CBF-1 / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa / RBP-JK / Renal carcinoma antigen NY-REN-30


分子量: 50027.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBPJ, IGKJRB, IGKJRB1, RBPJK, RBPSUH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06330
#5: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1


分子量: 40859.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH1, TAN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46531

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.754→48.46 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.39
反射 シェル解像度: 3.754→3.888 Å / Num. unique obs: 2504 / CC1/2: 0.689

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F8X

2f8x


解像度: 3.75→48.46 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 35.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 1998 7.62 %
Rwork0.267 --
obs0.27 26212 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12005 1300 0 0 13305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57318813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3898045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7543-3.84820.41351360.36421651X-RAY DIFFRACTION96
3.8482-3.95220.37921390.34571698X-RAY DIFFRACTION100
3.9522-4.06840.38271400.31911688X-RAY DIFFRACTION100
4.0684-4.19970.33081430.30251737X-RAY DIFFRACTION100
4.1997-4.34970.36631400.28741684X-RAY DIFFRACTION100
4.3497-4.52370.35691400.28981710X-RAY DIFFRACTION99
4.5237-4.72950.28771430.26921720X-RAY DIFFRACTION100
4.7295-4.97860.33181410.25911718X-RAY DIFFRACTION100
4.9786-5.29020.32391440.26711734X-RAY DIFFRACTION100
5.2902-5.69810.37011440.27951746X-RAY DIFFRACTION100
5.6981-6.27040.3441410.28071719X-RAY DIFFRACTION100
6.2704-7.17540.34991470.28391765X-RAY DIFFRACTION100
7.1754-9.03090.26331460.22591789X-RAY DIFFRACTION100
9.0309-49.01250.23571540.21631855X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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