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万見
- PDB-6py2: HLA-TCR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6py2
タイトルHLA-TCR complex
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen DQ ...) x 2
  • (T-cell receptor, T594, ...) x 2
  • DQ2.2-glut-L1
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / TCR / Gluten
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / response to bacterium / MHC class II protein complex / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosomal membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain / Human nkt tcr beta chain / T-cell receptor, sp3.4 alpha chain / Glutenin, low molecular weight subunit PTDUCD1 / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82543430029 Å
データ登録者Ting, Y.T. / Peteren, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A molecular basis for the T cell response in HLA-DQ2.2 mediated celiac disease.
著者: Ting, Y.T. / Dahal-Koirala, S. / Kim, H.S.K. / Qiao, S.W. / Neumann, R.S. / Lundin, K.E.A. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Sollid, L.M. / Rossjohn, J.
履歴
登録2019年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
C: DQ2.2-glut-L1
D: T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain
E: T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,95210
ポリマ－109,1045
非ポリマー8485
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.280, 275.140, 141.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen DQ ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen / DQ alpha 1 chain / HLA-DQA1 protein / MHC class II antigen


分子量: 27962.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q08AS3
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain / MHC class II antigen


分子量: 29714.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0U5IHY9

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T-cell receptor, T594, ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-cell receptor, T594, alpha chain,T-cell receptor, T594, alpha chain


分子量: 22702.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K7N5N2
#5: タンパク質 T-cell receptor, T594, beta chain,T-cell receptor, T594, beta chain


分子量: 27423.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K7N5M4

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 C

#3: タンパク質・ペプチド DQ2.2-glut-L1


分子量: 1301.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P16315*PLUS
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 23分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 5% v/v MPD, 15% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→45.86 Å / Num. obs: 35664 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 62.1477047536 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.95
反射 シェル解像度: 2.82→2.93 Å / Num. unique obs: 462 / CC1/2: 0.854

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4OZH

4ozh


解像度: 2.82543430029→45.8566666667 Å / SU ML: 0.309354034075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36288831066 / 位相誤差: 27.5167505887
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244164779274 1570 5.16600309302 %
Rwork0.215876274303 --
obs0.2173823465 30391 84.9741367258 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.7357577549 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82543430029→45.8566666667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6382 0 54 21 6457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003541003183276607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7460259674739001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442249628139995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003956281156911164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.86409569343914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82543430029-2.91660.51140.37373X-RAY DIFFRACTION11.97
2.9166-3.02080.349336960075890.3104419473851339X-RAY DIFFRACTION44.7929736512
3.0208-3.14180.3888714760111330.2979861648612493X-RAY DIFFRACTION81.8578553616
3.1418-3.28470.2545543496451550.2721588521093007X-RAY DIFFRACTION98.6275733001
3.2847-3.45780.3163976976431360.2541972835063036X-RAY DIFFRACTION98.9086373558
3.4578-3.67440.2946973329341750.2422032092993000X-RAY DIFFRACTION99.0021827253
3.6744-3.95790.2682933609411470.2157638224713112X-RAY DIFFRACTION99.6331397126
3.9579-4.3560.2264845571551870.1825444564423027X-RAY DIFFRACTION99.4430693069
4.356-4.98560.1876255351131660.162077697743087X-RAY DIFFRACTION99.7546764796
4.9856-6.27880.2121929785641910.1982376319933116X-RAY DIFFRACTION99.9093655589
6.2788-45.85666666670.2257064999791770.2228751952743231X-RAY DIFFRACTION99.3296415039
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.828583974 Å / Origin y: 38.4639294037 Å / Origin z: 2.28464849524 Å
111213212223313233
T0.275077645186 Å20.0477640169517 Å2-0.0633528113139 Å2-0.4726983716 Å20.0244650146853 Å2--0.249420217425 Å2
L0.892910773254 °20.102034378773 °2-0.0508929682214 °2-4.62779404923 °2-0.393763777616 °2--0.481712656347 °2
S-0.0280658192995 Å °0.190579738744 Å °0.216186974111 Å °-0.236731768664 Å °0.045158347783 Å °0.2281128901 Å °0.0471809222957 Å °-0.0891617594442 Å °-0.0193448988103 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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