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万見
- PDB-6pw2: Structural Basis for Cooperative Binding of EBNA1 to the Epstein-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pw2
タイトルStructural Basis for Cooperative Binding of EBNA1 to the Epstein-Barr Virus Dyad Symmetry Minimal Origin of Replication
要素
  • DNA (62-MER)
  • DNA (62-MER) complementary DNA strand
  • Epstein-Barr nuclear antigen 1
キーワードviral protein/dna / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus / viral protein / viral protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Messick, T.E. / Malecka, K.A. / Lieberman, P.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT096496 英国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Cooperative Binding of EBNA1 to the Epstein-Barr Virus Dyad Symmetry Minimal Origin of Replication.
著者: Malecka, K.A. / Dheekollu, J. / Deakyne, J.S. / Wiedmer, A. / Ramirez, U.D. / Lieberman, P.M. / Messick, T.E.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epstein-Barr nuclear antigen 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: Epstein-Barr nuclear antigen 1
E: DNA (62-MER)
F: DNA (62-MER) complementary DNA strand
I: Epstein-Barr nuclear antigen 1
J: Epstein-Barr nuclear antigen 1
K: Epstein-Barr nuclear antigen 1
L: Epstein-Barr nuclear antigen 1
G: DNA (62-MER)
H: DNA (62-MER) complementary DNA strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,49312
ポリマ－204,49312
非ポリマー00
水724
1
A: Epstein-Barr nuclear antigen 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1
D: Epstein-Barr nuclear antigen 1
E: DNA (62-MER)
F: DNA (62-MER) complementary DNA strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2476
ポリマ－102,2476
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26210 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area37500 Å2
手法PISA
2
I: Epstein-Barr nuclear antigen 1
J: Epstein-Barr nuclear antigen 1
K: Epstein-Barr nuclear antigen 1
L: Epstein-Barr nuclear antigen 1
G: DNA (62-MER)
H: DNA (62-MER) complementary DNA strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2476
ポリマ－102,2476
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26100 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area34810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.118, 283.384, 63.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 16008.498 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: DNA鎖 DNA (62-MER)


分子量: 19128.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CTAACCCTAATTCAATAGCATATGTTACCCAACGGGAAGCATATGCTATCGAATTAGGGTTA
由来: (合成) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (62-MER) complementary DNA strand


分子量: 19084.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CTAACCCTAATTCAATAGCATATGTTACCCAACGGGAAGCATATGCTATCGAATTAGGGTTA
由来: (合成) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 / 詳細: 200 mM sodium malonate, 24% PEG 3350 / PH範囲: +/- 0.25 / Temp details: +/- 2 degrees

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月19日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 29088 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.159 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.16 / Num. unique obs: 2264 / Rsym value: 2.682 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B3T

1b3t


解像度: 3.01→40.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: TLS record as of below: tls = "chain 'A' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'A' and (resid 478 through 491 )" tls = "chain 'A' and (resid 492 through 504 )" tls = "chain 'A' and ...詳細: TLS record as of below: tls = "chain 'A' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'A' and (resid 478 through 491 )" tls = "chain 'A' and (resid 492 through 504 )" tls = "chain 'A' and (resid 505 through 547 )" tls = "chain 'A' and (resid 548 through 560 )" tls = "chain 'A' and (resid 561 through 583 )" tls = "chain 'A' and (resid 584 through 599 )" tls = "chain 'A' and (resid 600 through 607 )" tls = "chain 'B' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'B' and (resid 478 through 489 )" tls = "chain 'B' and (resid 490 through 513 )" tls = "chain 'B' and (resid 514 through 547 )" tls = "chain 'B' and (resid 548 through 560 )" tls = "chain 'B' and (resid 561 through 585 )" tls = "chain 'B' and (resid 586 through 607 )" tls = "chain 'C' and (resid 461 through 470 )" tls = "chain 'C' and (resid 471 through 477 )" tls = "chain 'C' and (resid 478 through 489 )" tls = "chain 'C' and (resid 490 through 513 )" tls = "chain 'C' and (resid 514 through 560 )" tls = "chain 'C' and (resid 561 through 568 )" tls = "chain 'C' and (resid 569 through 583 )" tls = "chain 'C' and (resid 584 through 607 )" tls = "chain 'D' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'D' and (resid 478 through 537 )" tls = "chain 'D' and (resid 538 through 607 )" tls = "chain 'E' and (resid 3 through 17 )" tls = "chain 'E' and (resid 18 through 42 )" tls = "chain 'E' and (resid 43 through 57 )" tls = "chain 'E' and (resid 58 through 59 )" tls = "chain 'F' and (resid 5 through 24 )" tls = "chain 'F' and (resid 25 through 44 )" tls = "chain 'F' and (resid 45 through 54 )" tls = "chain 'F' and (resid 55 through 57 )" tls = "chain 'I' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'I' and (resid 478 through 513 )" tls = "chain 'I' and (resid 514 through 537 )" tls = "chain 'I' and (resid 538 through 560 )" tls = "chain 'I' and (resid 561 through 599 )" tls = "chain 'I' and (resid 600 through 607 )" tls = "chain 'J' and (resid 461 through 478 )" tls = "chain 'J' and (resid 479 through 504 )" tls = "chain 'J' and (resid 505 through 537 )" tls = "chain 'J' and (resid 538 through 547 )" tls = "chain 'J' and (resid 548 through 560 )" tls = "chain 'J' and (resid 561 through 585 )" tls = "chain 'J' and (resid 586 through 599 )" tls = "chain 'J' and (resid 600 through 607 )" tls = "chain 'K' and (resid 461 through 477 )" tls = "chain 'K' and (resid 478 through 491 )" tls = "chain 'K' and (resid 492 through 513 )" tls = "chain 'K' and (resid 514 through 560 )" tls = "chain 'K' and (resid 561 through 568 )" tls = "chain 'K' and (resid 569 through 599 )" tls = "chain 'K' and (resid 600 through 607 )" tls = "chain 'L' and (resid 461 through 537 )" tls = "chain 'L' and (resid 538 through 607 )" tls = "chain 'G' and (resid 8 through 32 )" tls = "chain 'G' and (resid 33 through 52 )" tls = "chain 'G' and (resid 53 through 56 )" tls = "chain 'H' and (resid 7 through 21 )" tls = "chain 'H' and (resid 22 through 46 )" tls = "chain 'H' and (resid 47 through 55 )"
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1977 -0.1
Rwork0.2199 ---
obs-28824 64.22 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→40.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9000 4266 0 4 13270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0114-3.1190.3794238.30.36292536
3.119-3.24380.3055305.20.314154613
3.2438-3.39130.2859807.90.284692923
3.3913-3.57010.36351096.50.2961156137
3.5701-3.79360.37252217.10.307289570
3.7936-4.08620.43252956.90.3087395995
4.0862-4.4970.279331670.19734191100
4.497-5.14660.24353006.70.17914145100
5.1466-6.480.223066.70.20364236100
6.48-40.87990.20472976.70.1704413299

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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