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万見
- PDB-6pw0: Cytochrome C oxidase delta 6 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pw0
タイトルCytochrome C oxidase delta 6 mutant
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidase / Proton pumping / Electron transfer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II ...Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / COPPER (II) ION / HEME-A / (2S,3R)-heptane-1,2,3-triol / HYDROXIDE ION / TRIDECANE / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, J. / Ferguson-Miller, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2019
タイトル: Structural changes at the surface of cytochrome c oxidase alter the proton-pumping stoichiometry.
著者: Berg, J. / Liu, J. / Svahn, E. / Ferguson-Miller, S. / Brzezinski, P.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / pdbx_entry_details ...chem_comp_atom / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 1
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,41153
ポリマ－183,7944
非ポリマー12,61749
水8,215456
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,59932
ポリマ－91,8972
非ポリマー7,70230
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
2
C: Cytochrome c oxidase subunit 1
D: Cytochrome c oxidase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,81121
ポリマ－91,8972
非ポリマー4,91419
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.905, 131.477, 176.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRP(chain 'A' and (resid 20 through 21 or (resid 22...AA20 - 54920 - 549
21TRPTRP(chain 'C' and ((resid 20 and (name N or name...CC20 - 54920 - 549
12LEULEU(chain 'B' and (resid 30 through 85 or (resid 86...BB30 - 2855 - 260
22LEULEU(chain 'D' and (resid 30 through 130 or (resid 131...DD30 - 2855 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 62531.645 Da / 分子数: 2 / 変異: 6 residues were deleted at C-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: coxI, RSP_1877
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q3J5A7, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 29365.385 Da / 分子数: 2 / 変異: 6 histidine tag added to the C-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: coxII, RSP_1826
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q3J5G0, cytochrome-c oxidase

-
糖 , 2種, 11分子

#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 494分子

#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 184.361 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#8: 化合物 ChemComp-HTH / (2S,3R)-heptane-1,2,3-triol / heptane-1,2,3-triol


分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#9: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#12: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#13: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM MES, pH 6.3, 27 % PEG-400 2.5 % heptanetriol, 16 mM MgCl2, 0.65 mM CdCl2 and 0.013 % Dodecyl maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.84 Å / Num. obs: 117531 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 46.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Num. unique obs: 7044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSM

2gsm


解像度: 2.5→42.84 Å / SU ML: 0.2486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.0085
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 2984 3.02 %
Rwork0.1727 --
obs0.1738 98707 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12299 0 789 456 13544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006113522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.253818457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06612037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00652206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.19997469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.27921220.21133821X-RAY DIFFRACTION82.71
2.54-2.580.25151390.20194033X-RAY DIFFRACTION87.83
2.58-2.630.28831340.20144258X-RAY DIFFRACTION92.44
2.63-2.680.21741490.18554409X-RAY DIFFRACTION95.82
2.68-2.740.23331530.17974507X-RAY DIFFRACTION98.23
2.74-2.80.23171340.17194588X-RAY DIFFRACTION99.06
2.8-2.860.2131440.16974607X-RAY DIFFRACTION99.33
2.86-2.930.19321530.16014602X-RAY DIFFRACTION99.69
2.93-3.010.2051440.16534609X-RAY DIFFRACTION99.75
3.01-3.10.20281510.16374613X-RAY DIFFRACTION99.85
3.1-3.20.18211410.15994650X-RAY DIFFRACTION99.83
3.2-3.320.22691490.16164605X-RAY DIFFRACTION99.81
3.32-3.450.24751200.16664658X-RAY DIFFRACTION99.94
3.45-3.610.18741450.17244672X-RAY DIFFRACTION99.9
3.61-3.80.23111420.17344652X-RAY DIFFRACTION99.94
3.8-4.030.19321330.16614689X-RAY DIFFRACTION99.98
4.03-4.340.2091440.15954680X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.780.17321410.15214722X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.470.18991480.16024723X-RAY DIFFRACTION100
5.47-6.890.18111580.18224761X-RAY DIFFRACTION100
6.89-42.840.22531400.20394864X-RAY DIFFRACTION97.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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