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- PDB-2qyg: Crystal Structure of a RuBisCO-like Protein rlp2 from Rhodopseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qyg
タイトルCrystal Structure of a RuBisCO-like Protein rlp2 from Rhodopseudomonas palustris
要素Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


炭素固定 / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits ...Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Li, H. / Chan, S. / Tabita, F.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Microbiol.Mol.Biol.Rev. / 年: 2007
タイトル: Function, structure, and evolution of the RubisCO-like proteins and their RubisCO homologs.
著者: Tabita, F.R. / Hanson, T.E. / Li, H. / Satagopan, S. / Singh, J. / Chan, S.
履歴
登録2007年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
B: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
C: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
D: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,7544
ポリマ－194,7544
非ポリマー00
水0
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
B: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3772
ポリマ－97,3772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
手法PISA
2
C: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2
D: Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3772
ポリマ－97,3772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.662, 119.529, 203.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 429 / Label seq-ID: 21 - 449

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase-like protein 2 / RuBisCO-like protein


分子量: 48688.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: rlp2 / プラスミド: BL21-Gold(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ND47

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 280mM ammonium acetate, 100mM sodium acetate, 30% PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→90 Å / Num. all: 26399 / Num. obs: 26399 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2572 / Rsym value: 0.467 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YKW

1ykw


解像度: 3.3→77.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 56.672 / SU ML: 0.413 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.568 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23228 1307 5.1 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
all0.20402 24549 --
obs0.20402 24549 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→77.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13012 0 0 0 13012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02213380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.96518224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94451712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04822.517588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.041151960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8915120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.25939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.29154
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3860.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6011.58686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.102213740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3135102
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3854.54484
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3254 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.040.05
2Btight positional0.040.05
3Ctight positional0.050.05
4Dtight positional0.050.05
1Atight thermal0.060.5
2Btight thermal0.060.5
3Ctight thermal0.060.5
4Dtight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 103 -
Rwork0.268 1754 -
obs-1754 99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65810.5729-0.36051.3075-0.73270.6802-0.0152-0.09540.00330.04980.02980.0263-0.01080.1237-0.0145-0.1326-0.00130.0138-0.07980.0213-0.149320.286-11.1746-11.1839
23.34170.82470.50331.25350.05241.06280.021-0.0020.25360.0809-0.05070.1736-0.10730.09910.0297-0.00450.00750.0813-0.0615-0.0158-0.097523.14367.70755.4712
32.3978-1.0990.00321.58740.18210.61990.05240.01710.1714-0.0249-0.02330.0845-0.0918-0.1271-0.0291-0.1032-0.0246-0.0087-0.144-0.0037-0.160415.6433-17.5327-59.9262
41.1604-0.73030.35212.7319-0.41360.94760.00880.03580.0715-0.13210.01940.00080.122-0.0218-0.0282-0.1631-0.02040.0041-0.1235-0.0004-0.198417.94541.3123-43.2774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 42921 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 42921 - 449
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 42921 - 449
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 42921 - 449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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