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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pva | |||||||||
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タイトル | The structure of NTMT1 in complex with compound 11 | |||||||||
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![]() | transferase/transferase inhibitor / methyltransferase / enzyme / inhibitor complex / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Noinaj, N. / Chen, D. / Huang, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of NTMT1 in complex with compound 11 著者: Chen, D. / Noinaj, N. / Huang, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dtnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27320.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BV86, protein N-terminal methyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 818.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M lithium sulfate; 0.1 M sodium HEPES 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 22463 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35.45 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1586 / CC1/2: 0.14 / Rsym value: 3.3 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DTN 解像度: 1.84→29.51 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.88 Å2 / Biso mean: 38.0236 Å2 / Biso min: 21.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→29.51 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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