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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pup
タイトル1.9 A crystal structure of flavodoxin-like domain of Schizosaccharomyces japonicus putative tRNAPhe 4-demethylwyosine synthase Tyw1 in complex with FMN
要素Wybutosine biosynthesis protein Tyw1
キーワードFLAVOPROTEIN / tRNA / hypermodification / wyosine / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 4-demethylwyosine synthase (AdoMet-dependent) / tRNA-4-demethylwyosine synthase activity / wybutosine biosynthetic process / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA wybutosine-synthesis / S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase / Wyosine base formation / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...tRNA wybutosine-synthesis / S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase / Wyosine base formation / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / tRNA 4-demethylwyosine synthase (AdoMet-dependent)
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces japonicus
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Sjekloca, L. / Ferre D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: MicroPubl Biol / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural characterization of the flavodoxin-like domain of the Schizosaccharomyces japonicus putative tRNAPhe 4-demethylwyosine synthase Tyw1 in complex with FMN.
著者: Sjekloca, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wybutosine biosynthesis protein Tyw1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3174
ポリマ－19,7501
非ポリマー5663
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.268, 58.632, 62.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Wybutosine biosynthesis protein Tyw1


分子量: 19750.379 Da / 分子数: 1 / 断片: Flavodoxin-like domain, residues 76-251 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces japonicus (strain yFS275 / FY16936) (酵母)
株: yFS275 / FY16936 / 遺伝子: SJAG_04265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6K6D6
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % / 解説: yellow tetragonal crystals, 150 x 50 x 50 um3
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes-NaOH pH 7.5, 100 mM MOPS pH 7.5, 9.37% v/v MPD, 9.37% PEG1000, 9.37% w/v PEG 3350, 300 mM MgCl2 x 6 H20; 300 mM CaCl2 x 2 H20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→54.83 Å / Num. obs: 10359 / % possible obs: 77.4 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.053.60.9782740.4760.5711.1428.5
1.89-8.9860.0491620.9990.0220.05499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→54.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.146 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.188
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1081 10.1 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1754 9600 67.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.18 Å2 / Biso mean: 27.357 Å2 / Biso min: 4.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→54.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 33 46 1418
Biso mean--17.44 33.22 -
残基数----169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.6671910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.5892964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4285170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88523.15173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85815230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02303
LS精密化 シェル解像度: 1.891→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 12 -
Rwork0.325 99 -
all-111 -
obs--9.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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