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- PDB-6pu2: Dark, Mutant H275T , 100K, PCM Myxobacterial Phytochrome, P2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pu2
タイトルDark, Mutant H275T , 100K, PCM Myxobacterial Phytochrome, P2
要素Photoreceptor-histidine kinase BphP
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dark / Mutant H275T / 100K / PCM Myxobacterial Phytochrome / P2
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pandey, S. / Schmidt, M. / Stojkovic, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: High-resolution crystal structures of a myxobacterial phytochrome at cryo and room temperatures.
著者: Sanchez, J.C. / Carrillo, M. / Pandey, S. / Noda, M. / Aldama, L. / Feliz, D. / Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Tracy, G. / Duong, P. / Nugent, A.C. / Field, A. / Srajer, V. / Kupitz, C. / ...著者: Sanchez, J.C. / Carrillo, M. / Pandey, S. / Noda, M. / Aldama, L. / Feliz, D. / Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Tracy, G. / Duong, P. / Nugent, A.C. / Field, A. / Srajer, V. / Kupitz, C. / Iwata, S. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Fangjia, L. / Tono, K. / Owada, S. / Westenhoff, S. / Schmidt, M. / Stojkovic, E.A.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
B: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8604
ポリマ－103,6912
非ポリマー1,1692
水5,477304
1
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4302
ポリマ－51,8451
非ポリマー5851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4302
ポリマ－51,8451
非ポリマー5851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.405, 81.790, 83.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Photoreceptor-histidine kinase BphP


分子量: 51845.336 Da / 分子数: 2 / 変異: H275T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (strain DW4/3-1) (バクテリア)
株: DW4/3-1 / 遺伝子: STIAU_8420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09E27
#2: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 4000, Benzamidine Hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 184.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 2049 / Rsym value: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→42.24 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 --
Rwork0.2191 --
obs-44482 82.66 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7302 0 86 304 7692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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