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- PDB-6ps8: XFEL MT1R structure by ligand exchange from agomelatine to 2-phen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ps8
タイトルXFEL MT1R structure by ligand exchange from agomelatine to 2-phenylmelatonin.
要素Fusion protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / COMPLEX-LCP method / SBDD / drug design / XFEL / LCP-SFX / Ligand Exchange / Agomelatine / 2-phenyl melatonin / MT1
機能・相同性
機能・相同性情報


melatonin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / mating behavior / hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / circadian rhythm / G alpha (i) signalling events ...melatonin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / mating behavior / hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / circadian rhythm / G alpha (i) signalling events / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Melatonin receptor family / Melatonin receptor 1A/1B / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Melatonin receptor family / Melatonin receptor 1A/1B / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEY / Melatonin receptor type 1A / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. ...Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. / Moraes, I. / Gati, C. / Cherezov, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Toward G protein-coupled receptor structure-based drug design using X-ray lasers.
著者: Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. ...著者: Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. / Moraes, I. / Gati, C. / Cherezov, V.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9062
ポリマ－56,5971
非ポリマー3081
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.200, 122.200, 122.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase / Mel1a receptor / Glycogen synthase / Mel1a receptor


分子量: 56597.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: MTNR1A, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48039, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-JEY / N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / 2-phenylmelatonin / 2-フェニルメラトニン


分子量: 308.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 60-100 mM potassium phosphate monobasic, 100 mM HEPES pH 7.0, 32-35% PEG 400, 1 mM of target ligand 2-phenylmelatonin, 2.5% DMSO, 1.5% propan-2-ol.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 14561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1663 % / CC1/2: 0.998 / R split: 0.119 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Num. unique obs: 1109 / CC1/2: 0.163 / R split: 3.44
Serial crystallography measurementCollection time total: 2.27 hours / Focal spot size: 1.5 µm2 / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionFlow rate: 0.2 µL/min / Injector diameter: 50 µm
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 87453 / Frames indexed: 65260 / Frames total: 977748

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6me5

6me5


解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 83.123 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.533
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3075 728 5 %RANDOM
Rwork0.2585 ---
obs0.2609 13778 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.26 Å2 / Biso mean: 114.238 Å2 / Biso min: 89.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.39 Å20 Å20 Å2
2---2.39 Å20 Å2
3---4.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 23 0 3671
Biso mean--107.44 --
残基数----486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1091.9625133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90737900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8325483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.622.993137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77215546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8411517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02836
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.607 54 -
Rwork0.507 984 -
all-1038 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79990.06760.54211.8299-0.72594.0330.1535-0.1196-0.12320.0419-0.0099-0.01110.25390.2556-0.14360.8163-0.19-0.04310.7628-0.03580.024521.1537-26.908536.5854
23.31952.23890.19728.90751.6163.29060.0662-0.03460.4690.251-0.0778-0.109-0.0225-0.09770.01160.38420.0294-0.02140.33910.01810.336430.97242.26850.3633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1A228 - 321
3X-RAY DIFFRACTION1A1201
4X-RAY DIFFRACTION2A1001 - 1196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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