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- PDB-6pre: SBP RafE in complex with verbascose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pre
タイトルSBP RafE in complex with verbascose
要素ABC transporter sugar-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Cluster D-I solute binding protein / complex / SBP
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular solute-binding protein / Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Meier, E.P.W. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular analysis of an enigmaticStreptococcus pneumoniaevirulence factor: The raffinose-family oligosaccharide utilization system.
著者: Hobbs, J.K. / Meier, E.P.W. / Pluvinage, B. / Mey, M.A. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter sugar-binding protein
B: ABC transporter sugar-binding protein
C: ABC transporter sugar-binding protein
D: ABC transporter sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,1379
ポリマ－185,7604
非ポリマー3,3775
水5,477304
1
A: ABC transporter sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2692
ポリマ－46,4401
非ポリマー8291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3313
ポリマ－46,4401
非ポリマー8912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ABC transporter sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2692
ポリマ－46,4401
非ポリマー8291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ABC transporter sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2692
ポリマ－46,4401
非ポリマー8291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.918, 145.877, 118.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ABC transporter sugar-binding protein / Sugar ABC transporter binding protein


分子量: 46440.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_1897 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E8ZWG6, UniProt: A0A0H2URJ7*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-[beta-D- ...alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-[beta-D-fructofuranose-(2-1)]alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGalpa1-6DGalpa1-6[DFrufb2-1]DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3-3/a2-b1_b6-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{[(6+1)][a-D-Galp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M MnCl2, 0.2M CsCl, 0.1M Tris, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 64353 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4289 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.344

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PRG

6prg


解像度: 2.4→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 10.919 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.598 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 3024 4.7 %RANDOM
Rwork0.2314 ---
obs0.2332 60863 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.32 Å2 / Biso mean: 36.913 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.18 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11892 0 228 304 12424
Biso mean--36.52 31.39 -
残基数----1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01212415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6451.66716939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.38551536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68624.809601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.036151902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.6721532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029468
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.459 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 213 -
Rwork0.314 3860 -
obs--84.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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