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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pr9 | |||||||||
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タイトル | S. aureus dihydrofolate reductase co-crystallized with 1-ethylpropyl-dihydropthalazine inhibitor and NADP(H) | |||||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bourne, C.R. / Thomas, L.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Inhibitor design to target a unique feature in the folate pocket of Staphylococcus aureus dihydrofolate reductase. 著者: Muddala, N.P. / White, J.C. / Nammalwar, B. / Pratt, I. / Thomas, L.M. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Bourne, C.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18611.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: folA / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-OWV / ( | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG6000, 0.1M MES, 0.15M Na Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月1日 / 詳細: Osmic Mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→23.3 Å / Num. obs: 13732 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 22.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Num. unique obs: 1357 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3M08 解像度: 2.01→23.291 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.86
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.79 Å2 / Biso mean: 25.4 Å2 / Biso min: 9.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.01→23.291 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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