PDB-6pr4: D262N/S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pr4

タイトル

D262N/S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pr4.cif.gz	444 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pr4.ent.gz	304.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7cC 6p7dC 6pqzC 6pr0C 6pr1C 6pr2C 6pr3C 6uluC 6vebC 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p7c-d 6ulu-d 6pr3-d 6pqz-d 6pr2-d 1pjt-d 2iuv-d 5hft-d 3zx0-1 6pr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.592, 98.835, 146.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50189.516 Da / 分子数: 2 / 変異: D262N, S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→40.96 Å / Num. obs: 42016 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.216 / R_pim(I) all: 0.0605 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.24→2.32 Å / Num. unique obs: 3997 / R_pim(I) all: 0.455

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 2.24→40.96 Å / SU ML: 0.2639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.9363

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	1999	4.76 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1705	42016	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→40.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7004	0	0	261	7265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	7187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9497	9745
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	1120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.4263	5985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.3	0.3117	134	0.2273	2681	X-RAY DIFFRACTION	94.65
2.3-2.36	0.2983	141	0.2256	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.2774	140	0.2109	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.51	0.2717	142	0.2017	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2984	142	0.1893	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.7	0.2496	142	0.195	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.83	0.3064	143	0.1946	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.2693	141	0.1884	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.16	0.2538	143	0.1879	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.41	0.2407	143	0.1716	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.75	0.2165	144	0.1568	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.29	0.1903	146	0.138	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-5.4	0.1827	145	0.1369	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4-40.96	0.1926	153	0.16	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.14986645256	1.75325548578	-0.258426617055	3.27574778379	-0.388477332115	1.78520059046	0.0682594999215	-0.088355983224	-0.314951849984	0.0617311120339	-0.038684879497	-0.0371272174658	0.234034710663	-0.0516506331971	-0.0407243310403	0.19767305732	0.0161169462339	-0.0205948061768	0.203148918612	-0.0633744515323	0.255453221376	58.9400360477	-20.8966399511	47.5596477855
2	3.75640753135	-0.019317785287	2.54313430009	2.07618364152	0.0482760929919	8.00033073131	0.199007559666	-0.214836748464	-0.490386708157	-0.232655231185	-0.0333188445494	0.0491348093032	1.45050661519	-0.791487084271	-0.100311980908	0.42054749747	-0.0681047740992	0.0523794980403	0.407412808282	-0.0152557303505	0.360856274259	79.1421765709	-23.8666575258	38.4828534941
3	5.44507710601	-0.316511722332	0.449412652337	3.21933384236	1.26909056851	4.59537791882	-0.0245363622125	-0.356158959922	-0.0741780661694	0.0271675914229	-0.0210378394011	-0.048835460211	-0.14467142541	-0.357382441168	0.0201880254671	0.198922359192	-0.00806956878606	-0.00108849169221	0.358077495323	-0.0130523791998	0.160595152555	96.2987795714	-13.7662281036	54.651492611
4	1.96071329496	-0.667462824545	-0.677589522855	0.790804828669	-0.617648648962	1.48902139416	0.0619704037095	-0.3997607304	0.2163969155	0.316255601829	-0.0389466210292	-0.0431941524522	-0.489902749448	-0.11378920625	-0.0167135395939	0.500830458396	-0.0245507362153	0.127874958928	0.228644260064	-0.0523012798051	0.320476876151	96.4294991229	-2.99988241148	33.490591476
5	2.30081079729	0.493946724457	0.273957913765	2.30310238966	-0.851442531498	3.31106512761	0.152645192603	-0.190005033343	0.711533027273	0.312852390923	0.007969067886	0.323642094559	-0.99813279932	0.0531105309802	-0.0530271041406	0.534391070508	-0.0341122797721	0.134943241545	0.266345640251	-0.0822367992227	0.475213275131	97.2087584639	2.13194828579	23.9280761171
6	2.69528032079	0.890200173973	-1.62870449128	2.90778561825	-2.91593839053	5.34723839407	0.0279410862441	0.420820478812	0.429936998805	-0.178337601931	0.174773748511	0.294977952708	-0.0877455229456	-0.232296086085	-0.110889874487	0.330764275914	0.0422359390951	-0.0245563537892	0.328195992569	0.0690777543361	0.335580504433	98.0419216601	2.35542540924	0.09992596483
7	0.593474605058	0.992271518782	0.0742135580381	3.3170914833	-1.72359931318	2.13231121944	-0.0628517503982	0.233208309526	0.101787797722	-0.253710350461	0.395152646417	0.498195548829	0.449628560255	-0.646331842923	-0.207877856419	0.368197322477	-0.0560681800324	-0.036390237802	0.328437301816	0.0752548137186	0.352737382174	91.0911822831	-8.41600212182	2.94100675437
8	2.84066372512	1.53973804995	-0.877189123199	4.83320146532	0.521338157778	2.58017120261	-0.00618645080112	0.0517082679552	0.477860564645	-0.161726414639	0.152046329477	0.244013262064	-0.298467381368	0.0759020420282	-0.110260616868	0.195551295711	0.00814141407838	-0.00861879053455	0.193157635805	-0.0136580448595	0.312410873591	69.2146103297	2.675780144	43.7882365535
9	1.67259157142	-0.745994185554	-0.712068038678	1.67449024615	0.693912197663	1.30938890204	-0.165783216821	0.00407900692665	0.0845223480606	0.105496688027	0.116964071496	-0.118233609389	-0.0096555549268	0.444460214489	0.0560671496353	0.26049926052	-0.0410174321691	-0.0172962717167	0.376362985735	-0.0569756330757	0.365558987327	75.9012439976	-9.29962065069	44.6759356958
10	1.93867728432	0.894050065788	3.1685908452	1.80668598104	1.13327520106	5.58077167988	-0.550506326697	0.526389442308	0.243862347799	-0.168719643687	0.291429158441	0.138185946877	-0.524800061463	0.531446866712	0.142390705827	0.337275639125	-0.0366069270302	0.021258194	0.527911098469	0.0709588991742	0.33090072969	82.4474629108	-15.2809414897	30.8048871946
11	4.04924485296	0.745426689924	-0.634128660549	0.996466828785	-0.484767631959	1.14530909419	0.180394466185	0.48358971816	-0.506126190057	-0.227946129938	0.000462492211594	0.11013526381	0.666799431727	-0.432185400808	-0.101926698976	0.596247242455	-0.15255195269	-0.111442644072	0.457701002686	0.00301191708994	0.378748683962	79.6817786086	-26.6725511846	17.0251183286
12	2.82067287867	-1.23208930301	0.555391170092	5.11210008831	0.76094405671	3.23637912329	-0.148362268534	-0.39333821168	-0.44007091675	0.396165952129	0.110074804811	-0.19101620189	0.54157255514	0.411985456316	0.0697211949791	0.362104223638	0.0127412002512	0.0155799778836	0.266856104916	0.0463505396484	0.330070304908	101.913568014	-27.0170048872	21.3026336963
13	2.80033781733	1.10062945567	-0.622856970468	3.04869508012	-1.76179876761	2.7070386821	-0.0589791759064	0.318294997499	-0.249175948483	-0.559925123125	0.0734956698197	-0.200806033458	0.477717524168	0.139459150417	-0.0491005632962	0.429554974517	0.0437278704346	0.00404441295487	0.314636246213	-0.013189959431	0.268984559058	101.168949675	-17.8610364594	11.8225807714
14	2.18462172432	0.118693176716	-0.529228827475	2.04222573499	-0.548355170452	2.18272516606	0.0504246953139	0.065992309562	0.0635169462002	-0.07994071702	-0.840502128831	-0.914118392182	-0.155083657024	1.2663121363	0.473703630964	0.266589783293	-0.0282957211165	0.0030107221168	0.63543992962	0.228490091321	0.591568231328	120.173209492	-4.50772592143	11.5415188324
15	2.45153506671	0.614452810061	-1.72327131142	0.780261158227	0.787616278071	3.58790228229	-0.0382838015066	-0.469474305205	0.0351254769816	0.821643006234	-0.522721554964	-0.551921624254	-0.0654979107063	1.19942537041	0.410502438902	0.465938731577	-0.0951298269982	-0.104945240738	0.572885980713	0.0741420303472	0.48484772939	116.777330579	-3.50140138902	23.3998728421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 148 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 149 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 351 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 352 through 432 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 433 through 457 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 96 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 97 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 160 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 161 through 232 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 233 through 278 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 279 through 351 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 352 through 431 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 432 through 457 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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