PDB-6pr0: P133H-S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pr0

タイトル

P133H-S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pr0.cif.gz	443.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pr0.ent.gz	303.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pr0_validation.pdf.gz	381.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pr0_full_validation.pdf.gz	381.4 KB	表示
XML形式データ	6pr0_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6pr0_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7cC 6p7dC 6pqzC 6pr1C 6pr2C 6pr3C 6pr4C 6uluC 6vebC 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pjs-d 1pjt-d 6p5x-d 6ulu-d 6p7c-d 6pr2-d 1pjq-d 6pr1-d 6pr4-d 5f55-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.828, 99.882, 146.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50231.531 Da / 分子数: 2 / 変異: P133H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.27 Å / Num. obs: 69444 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.1881 / R_pim(I) all: 0.05325 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 6801 / R_pim(I) all: 0.3946 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 1.9→47.27 Å / SU ML: 0.2389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.131

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1785	2.57 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1814	69368	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6965	0	0	393	7358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	7169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8905	9724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	1117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9688	5950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3328	135	0.3117	5100	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.95-2.01	0.3641	136	0.274	5146	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.01-2.07	0.2223	136	0.2185	5146	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.07-2.15	0.2825	137	0.2058	5166	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.15-2.23	0.2559	137	0.2078	5189	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.23-2.34	0.2694	137	0.2226	5176	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.34-2.46	0.2715	136	0.1924	5192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.61	0.2215	138	0.188	5222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.81	0.2439	139	0.1925	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.1	0.2463	138	0.1974	5246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.55	0.2277	140	0.1807	5304	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.55-4.47	0.2086	131	0.1415	4946	X-RAY DIFFRACTION	92.97
4.47-47.27	0.1892	145	0.1563	5512	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.57983582508	1.40387649419	0.0661483397705	2.93650813221	0.337451763473	1.89430533142	0.115900639058	-0.29233264381	-0.477418501801	0.121477427343	-0.0734733172971	-0.0361818211959	0.18548467843	0.0254047754698	-0.0212661085976	0.170099330633	0.000113257221039	-0.0379286791574	0.201129824142	0.00416944069966	0.299830607258	29.557430178	-21.1308900189	47.6631442142
2	3.32858689589	0.0883579247988	2.22873413107	3.07570605698	1.48853165466	7.19232149193	0.416982213233	-0.221594972896	-0.814235035042	-0.246290713689	-0.159138495139	-0.191650545352	1.29419741287	-0.61182483908	-0.302256419887	0.423130761015	-0.083459300345	0.00293202226961	0.417042235188	-0.0207758271426	0.386686827163	49.6298660062	-24.1462601321	38.4067959623
3	4.57410918701	0.168608049181	0.331500889261	2.74915062788	0.642195898715	3.30444523633	-0.0115007081699	-0.475400722977	-0.186517237425	-0.0332075352479	0.02133349476	0.118550604863	-0.123644477897	-0.38736373263	-0.00635852321114	0.205604564791	-0.0210939699535	0.00124526542454	0.410125313423	-0.00675066063713	0.213262055672	66.7736487909	-14.2756500367	54.9320371318
4	0.402172531901	-0.182566376368	-0.342756859148	1.14133434383	-0.54303841142	1.03476626038	0.0158071604407	-0.263617285254	0.105582444114	0.35502042921	-0.00993983743544	-0.0643787875831	-0.255674228144	0.0208854221468	-0.0317400473959	0.374290778376	0.00297292406671	0.0512264241772	0.294484461691	-0.049014759525	0.250931435254	67.3594096488	-3.34349522492	33.9728691335
5	2.29092080781	0.314687695012	-0.486049485246	1.91114770409	-0.408230072884	2.53932827806	0.135291581518	-0.240906121948	0.585159876265	0.27463156684	-0.0777298353695	0.226330644699	-0.672142621519	0.0179109091506	-0.0385878821774	0.403781631173	0.00706787004875	0.0577023173651	0.212153523121	-0.0504931278815	0.325600293694	67.4426171563	3.78787185472	27.7598198704
6	2.83545967175	1.10177840202	-1.18945873622	2.9894193035	-2.16318012082	4.57176611078	-0.0699464174741	0.412808537803	0.139980972739	-0.346570502548	0.173625651353	0.103241948977	0.115181787999	-0.235458069638	-0.0897732676744	0.308743925143	0.0137081478283	-0.0289450562862	0.30959504328	0.0275727756201	0.204988672133	67.5784405192	-1.40396277492	1.19030442812
7	1.40476237349	-0.447963735642	-0.582522833473	2.21185169107	0.795770598893	1.89522935572	0.0314386556204	0.0840440574594	0.0416171263013	-0.256761375535	-0.0611863143568	0.19565089835	-0.0835248132252	0.0532859011479	0.0445912167999	0.223350999687	-0.0386997449089	-0.0618806139459	0.250806913687	0.00635097390148	0.298713022423	43.9529602034	-9.30302270207	35.4350636692
8	1.91862187203	0.652848389313	-0.399132527336	2.64077433255	-1.23242935641	2.7365774949	-0.0587261703068	0.0690017208708	-0.260517992708	-0.191933351313	-0.144498922462	-0.344136209836	0.409307078888	0.400801226786	0.109491732981	0.260077934999	0.108742200721	0.0388271159182	0.259665291702	-0.00398862711851	0.243081087711	78.5764735549	-14.2906466553	15.5514658286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 148 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 149 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 341 through 457 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 209 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 210 through 457 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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