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- PDB-6plk: Crystal structure of ZIKV-116 Fab in complex with ZIKV envelope DIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6plk
タイトルCrystal structure of ZIKV-116 Fab in complex with ZIKV envelope DIII
要素
  • Env
  • ZIKV-116 heavy chain
  • ZIKV-116 light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Human antibody / ZIKV-DIII / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / symbiont entry into host cell / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Env
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, H. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2020
タイトル: Mechanism of differential Zika and dengue virus neutralization by a public antibody lineage targeting the DIII lateral ridge.
著者: Zhao, H. / Xu, L. / Bombardi, R. / Nargi, R. / Deng, Z. / Errico, J.M. / Nelson, C.A. / Dowd, K.A. / Pierson, T.C. / Crowe, J.E. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ZIKV-116 heavy chain
L: ZIKV-116 light chain
E: Env
I: ZIKV-116 heavy chain
M: ZIKV-116 light chain
F: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9506
ポリマ－118,9506
非ポリマー00
水7,332407
1
H: ZIKV-116 heavy chain
L: ZIKV-116 light chain
E: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4753
ポリマ－59,4753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
2
I: ZIKV-116 heavy chain
M: ZIKV-116 light chain
F: Env


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4753
ポリマ－59,4753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.809, 89.805, 92.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 ZIKV-116 heavy chain


分子量: 23990.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
#2: 抗体 ZIKV-116 light chain


分子量: 23548.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
#3: タンパク質 Env


分子量: 11935.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X9PPI0, UniProt: A0A024B7W1*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% MPD, 0.1 M Imidazole and 10% PEG 4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 50016 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.344 Å / Num. unique obs: 2471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KVG and 5GZO

5kvg

5gzo


解像度: 2.3→44.903 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2528 5.05 %
Rwork0.1674 --
obs0.1696 50016 97.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8232 0 0 407 8639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65611476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8595054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34430.29361210.25572350X-RAY DIFFRACTION87
2.3443-2.39210.27261480.23172616X-RAY DIFFRACTION98
2.3921-2.44410.26771110.22212695X-RAY DIFFRACTION98
2.4441-2.5010.30591390.21442631X-RAY DIFFRACTION98
2.501-2.56350.24091650.20442650X-RAY DIFFRACTION98
2.5635-2.63280.28631350.20252661X-RAY DIFFRACTION98
2.6328-2.71030.2671550.20452617X-RAY DIFFRACTION98
2.7103-2.79780.27641320.20912653X-RAY DIFFRACTION97
2.7978-2.89770.24371340.20262578X-RAY DIFFRACTION95
2.8977-3.01370.24121420.19892642X-RAY DIFFRACTION99
3.0137-3.15090.25361370.18592684X-RAY DIFFRACTION99
3.1509-3.31690.20171460.17552700X-RAY DIFFRACTION99
3.3169-3.52470.23231260.16952662X-RAY DIFFRACTION98
3.5247-3.79670.20951330.16142612X-RAY DIFFRACTION96
3.7967-4.17850.19391470.14982689X-RAY DIFFRACTION99
4.1785-4.78250.17931580.12632702X-RAY DIFFRACTION99
4.7825-6.02320.17341370.13952633X-RAY DIFFRACTION96
6.0232-44.9110.1531620.14042713X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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