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- PDB-6pky: Guinea pig N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pky
タイトルGuinea pig N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain auto-inhibited by pro-peptide
要素N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
キーワードHYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / pro-peptide
機能・相同性Phosphodiester glycosidase / Phosphodiester glycosidase / secretion of lysosomal enzymes / membrane / BROMIDE ION / N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase
機能・相同性情報
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2019年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
B: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
C: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
D: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,10243
ポリマ－135,6354
非ポリマー2,46739
水2,144119
1
A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
B: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,26620
ポリマ－67,8182
非ポリマー1,44818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
2
C: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
D: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,83723
ポリマ－67,8182
非ポリマー1,01921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.622, 72.622, 240.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)


分子量: 33908.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: NAGPA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H0VTT5

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 155分子

#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M bis-tris propane pH 8.25, 0.2M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 24805 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 2460

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3459: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PKG

6pkg


解像度: 3→47.231 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 231.75 / 位相誤差: 29.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 3824 11.48 %
Rwork0.2125 --
obs0.2188 33319 92.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8671 0 102 119 8892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60412088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3535325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0004-3.0550.3479640.2781768X-RAY DIFFRACTION30
3.055-3.11370.296860.2772930X-RAY DIFFRACTION36
3.1137-3.17730.3122940.25191054X-RAY DIFFRACTION41
3.1773-3.24630.3521030.24841152X-RAY DIFFRACTION45
3.2463-3.32180.28211070.24411213X-RAY DIFFRACTION46
3.3218-3.40490.3156960.24561190X-RAY DIFFRACTION47
3.4049-3.49690.30311070.26381195X-RAY DIFFRACTION46
3.4969-3.59980.28061010.23651202X-RAY DIFFRACTION47
3.5998-3.71590.34311050.25131210X-RAY DIFFRACTION47
3.7159-3.84870.30491100.20631341X-RAY DIFFRACTION50
3.8487-4.00270.27241270.21221510X-RAY DIFFRACTION59
4.0027-4.18470.20781680.19051712X-RAY DIFFRACTION67
4.1847-4.40520.24141910.19262027X-RAY DIFFRACTION78
4.4052-4.6810.21642000.17162276X-RAY DIFFRACTION87
4.681-5.0420.22411990.18222303X-RAY DIFFRACTION90
5.042-5.54860.2282060.20992410X-RAY DIFFRACTION92
5.5486-6.34980.24322010.21862378X-RAY DIFFRACTION92
6.3498-7.99340.23692160.21262379X-RAY DIFFRACTION92
7.9934-46.33970.29292210.24512364X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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