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万見
- PDB-6pit: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pit
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant in Complex with SRC2 Stapled Peptide 41A and Estradiol
要素
  • (Estrogen receptor) x 2
  • Stapled Peptide 41A
キーワードTRANSCRIPTION / Hormone / Nuclear Receptor / Estrogen / Stapled Peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Montgomery, J.E. / Greene, G.L. / Moellering, R.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Versatile Peptide Macrocyclization with Diels-Alder Cycloadditions.
著者: Montgomery, J.E. / Donnelly, J.A. / Fanning, S.W. / Speltz, T.E. / Shangguan, X. / Coukos, J.S. / Greene, G.L. / Moellering, R.E.
履歴
登録2019年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
D: Stapled Peptide 41A
C: Stapled Peptide 41A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6176
ポリマ－63,0724
非ポリマー5452
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.534, 71.030, 58.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29949.326 Da / 分子数: 1 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29949.326 Da / 分子数: 1 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#3: タンパク質・ペプチド Stapled Peptide 41A


分子量: 1586.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 15% PEG 3,350, 200 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 18168 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 6634 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.9精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CBZ

6cbz


解像度: 2.25→43.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 --
Rwork0.214 --
obs-6634 99.5 %
原子変位パラメータBiso max: 97.01 Å2 / Biso mean: 37.2929 Å2 / Biso min: 14.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 57 152 3696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2665-3.02243.6855.0335-1.09614.12080.16030.47820.0312-0.6846-0.11510.01670.18720.3433-0.01310.3129-0.01940.050.25050.00440.132216.6976-2.7194-7.67
22.69360.13050.33198.2360.56462.31610.1677-0.0502-0.0934-0.2296-0.17470.0970.09710.03150.02440.1556-0.0078-0.00580.2060.00660.12113.0295-0.9518-2.424
33.3984-0.92331.49373.24190.73652.4401-0.0002-0.23220.2035-0.0506-0.06580.3303-0.2272-0.11590.10150.18170.01750.02480.25130.01540.230113.4445.35573.3013
42.98151.15170.63559.23741.71672.38540.1488-0.2416-0.48810.32410.0399-0.22730.3780.1922-0.13890.25240.0816-0.05710.37410.05010.277926.5643-8.05479.8952
56.8531-0.09936.53542.33010.48816.9884-0.2056-0.5359-0.09190.0180.12020.0341-0.3303-0.45490.03920.19630.02120.05710.23850.01590.131212.3143.19888.9222
69.1452-3.56881.83849.49221.03378.37060.40630.6847-1.8772-0.90080.23551.07730.8345-0.1409-0.67170.4178-0.1209-0.14150.374-0.01440.6062-0.3846-7.3965-6.1039
76.4391-2.2597-1.96629.9153-2.87038.2412-0.1276-0.96311.29931.0636-0.0662-1.1294-0.57910.33830.34440.4214-0.0397-0.10370.6197-0.12010.409319.74177.276734.2019
85.27880.2265-0.64965.4094-0.15213.82120.108-0.4848-0.02540.3513-0.1567-0.0286-0.22330.02440.05850.18590.0111-0.00270.2579-0.00030.13821.71010.547227.815
91.9881-0.29653.87912.0182-0.08371.1802-0.20980.3997-2.3167-0.79270.33270.04111.1666-0.5069-0.21220.4821-0.21150.08180.4016-0.00430.6345-6.0146-16.303821.4502
105.8781.169-0.13636.58891.58742.1104-0.11320.1851-0.2625-0.075-0.0162-0.12610.09440.08690.1030.17980.00780.04640.31820.01160.11410.6676-4.68921.6265
114.3734-0.4675-1.68168.49480.7543.4072-0.1452-0.27910.86210.44710.0459-0.4734-0.32790.4240.11970.2013-0.0638-0.06010.3833-0.02240.341523.62834.500624.6933
128.96170.21761.24151.34780.33530.7209-0.12820.69550.4344-0.1321-0.00760.2411-0.0823-0.0460.09260.2417-0.0128-0.0130.31960.06790.18382.6837-1.152816.8351
136.78391.06730.22970.65871.62595.1795-0.77090.78450.0498-0.8642-0.3288-0.47561.22910.69850.99711.33190.1921-0.01080.72090.10570.861312.5879-16.9661-9.0743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 307:363 )A307 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 364:411 )A364 - 411
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 412:465 )A412 - 465
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 466:496 )A466 - 496
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 497:528 )A497 - 528
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 529:547 )A529 - 547
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 308:321 )B308 - 321
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 322:407 )B322 - 407
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 408:421 )B408 - 421
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 422:473 )B422 - 473
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 474:496 )B474 - 496
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 497:547 )B497 - 547
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 7:9 )C7 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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