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Yorodumi- PDB-5u2b: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (Y537S) i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u2b | ||||||
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Title | Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (Y537S) in Complex with the phenylamino-substituted estrogen, (8R,9S,13S,14S,17S)-13-methyl-17-(phenylamino)-7,8,9,11,12,13,14,15,16,17-decahydro-6H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol, without a coactivator peptide | ||||||
Components | Estrogen receptor | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / protein ligand complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of phospholipase C activity / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / 14-3-3 protein binding / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / euchromatin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / male gonad development / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.22 Å | ||||||
Authors | Nwachukwu, J.C. / Nowak, J. / Carlson, K.E. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2017 Title: Structural and Molecular Mechanisms of Cytokine-Mediated Endocrine Resistance in Human Breast Cancer Cells. Authors: Stender, J.D. / Nwachukwu, J.C. / Kastrati, I. / Kim, Y. / Strid, T. / Yakir, M. / Srinivasan, S. / Nowak, J. / Izard, T. / Rangarajan, E.S. / Carlson, K.E. / Katzenellenbogen, J.A. / Yao, X. ...Authors: Stender, J.D. / Nwachukwu, J.C. / Kastrati, I. / Kim, Y. / Strid, T. / Yakir, M. / Srinivasan, S. / Nowak, J. / Izard, T. / Rangarajan, E.S. / Carlson, K.E. / Katzenellenbogen, J.A. / Yao, X.Q. / Grant, B.J. / Leong, H.S. / Lin, C.Y. / Frasor, J. / Nettles, K.W. / Glass, C.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u2b.cif.gz | 570.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u2b.ent.gz | 474.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u2b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29299.535 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: ligand-binding domain, UNP residues 125-381 / Mutation: Y537S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ESR1, ESR, NR3A1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P03372 #2: Chemical | ChemComp-6WV / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.08 % / Mosaicity: 0.422 ° |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 / Details: 15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-h+k,-l / Fraction: 0.5 |
Reflection | Resolution: 2.22→34.625 Å / Num. obs: 84041 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.26 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.22→34.63 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 29.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→34.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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