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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dke | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain in complex with a 3-naphthyl-substituted, methyl, cis-diaryl-ethylene compound 4,4'-[2-(naphthalen-2-yl)prop-1-ene-1,1-diyl]diphenol | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Nuclear receptor / transcription factor / ligand binding / protein-ligand complex | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of epithelial cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway ...regulation of epithelial cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / aryl hydrocarbon receptor binding / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / : / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / 14-3-3 protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / : / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. ...Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Cavett, V. / Nowak, J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Syst.Biol. / 年: 2016タイトル: Predictive features of ligand-specific signaling through the estrogen receptor. 著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / ...著者: Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Zheng, Y. / Wang, S. / Min, J. / Dong, C. / Liao, Z. / Nowak, J. / Wright, N.J. / Houtman, R. / Carlson, K.E. / Josan, J.S. / Elemento, O. / Katzenellenbogen, J.A. / Zhou, H.B. / Nettles, K.W. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5dke.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5dke.ent.gz | 162 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5dke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5dke_validation.pdf.gz | 957.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5dke_full_validation.pdf.gz | 961.9 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 5dke_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5dke_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dke | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 4zn7C ![]() 4znhC ![]() 4znsC ![]() 4zntC ![]() 4znuC ![]() 4znvC ![]() 4znwC ![]() 5di7C ![]() 5didC ![]() 5dieC ![]() 5digC ![]() 5dk9C ![]() 5dkbC ![]() 5dkgC ![]() 5dksC ![]() 5dl4C ![]() 5dlrC ![]() 5dmcC ![]() 5dmfC ![]() 5dp0C ![]() 5drjC ![]() 5drmC ![]() 5dtvC ![]() 5du5C ![]() 5dueC ![]() 5dugC ![]() 5duhC ![]() 5dvsC ![]() 5dvvC ![]() 5dweC ![]() 5dwgC ![]() 5dwiC ![]() 5dwjC ![]() 5dxkC ![]() 5dxmC ![]() 5dxpC ![]() 5dxqC ![]() 5dxrC ![]() 5dy8C ![]() 5dybC ![]() 5dydC ![]() 5dz0C ![]() 5dz1C ![]() 5dz3C ![]() 5dzhC ![]() 5dziC ![]() 5e0wC ![]() 5e0xC ![]() 5e14C ![]() 5e15C ![]() 5e19C ![]() 5e1cC ![]() 5egvC ![]() 5ehjC ![]() 5ei1C ![]() 5eitC C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 29299.535 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1666.943 Da / 分子数: 2 / 断片: Nuclear receptor-interacting peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596*PLUS#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.42 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.05M MgCl2, 0.067M NaCl, 0.1M Tris |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube i-beam single crystal asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13294 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 0.902 / Net I/av σ(I): 11.806 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 79462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 解像度: 2.6→44.943 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 150.42 Å2 / Biso mean: 48.2758 Å2 / Biso min: 10.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→44.943 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用

































































PDBj


















