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- PDB-6pir: Crystal structure of the Legionella effector protein MavE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pir
タイトルCrystal structure of the Legionella effector protein MavE
要素MavE
キーワードSIGNALING PROTEIN / Twinned two-helix bundle / NPxY motif / phosphotyrosine binding / membrane-anchored
機能・相同性pathogen-containing vacuole membrane / host cell membrane / extracellular region / CITRIC ACID / Effector protein MavE
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cygler, M. / Voth, K.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)412613 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Legionella effector MavE
著者: Cygler, M. / Voth, K.A.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MavE
B: MavE
C: MavE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9035
ポリマ－47,5193
非ポリマー3842
水4,540252
1
A: MavE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8401
ポリマ－15,8401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MavE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0322
ポリマ－15,8401
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MavE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0322
ポリマ－15,8401
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: MavE

A: MavE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6792
ポリマ－31,6792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
5
C: MavE
ヘテロ分子

B: MavE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0644
ポリマ－31,6792
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.550, 42.050, 46.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-275-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MavE


分子量: 15839.636 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2344 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZT21
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Citrate, pH 6.0, 18% PEG20K / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.77 Å / Num. obs: 82310 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.96 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Num. unique obs: 13055 / CC1/2: 0.593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→46.267 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 2007 5 %
Rwork0.1948 --
obs0.1968 40116 86.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3136 0 26 252 3414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1514482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3752050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69130.377670.24971279X-RAY DIFFRACTION41
1.6913-1.73710.3915820.32731541X-RAY DIFFRACTION50
1.7371-1.78820.34821010.29611925X-RAY DIFFRACTION61
1.7882-1.84590.30971310.27222489X-RAY DIFFRACTION79
1.8459-1.91190.35471580.28682995X-RAY DIFFRACTION96
1.9119-1.98840.30911580.28053012X-RAY DIFFRACTION96
1.9884-2.07890.23841610.21653056X-RAY DIFFRACTION97
2.0789-2.18850.25771600.19993037X-RAY DIFFRACTION97
2.1885-2.32560.26171620.22163066X-RAY DIFFRACTION97
2.3256-2.50520.23171610.18813063X-RAY DIFFRACTION98
2.5052-2.75730.23681630.18343108X-RAY DIFFRACTION98
2.7573-3.15620.21621650.17993124X-RAY DIFFRACTION98
3.1562-3.97610.21650.16153147X-RAY DIFFRACTION99
3.9761-46.2670.21411730.17253267X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1211-0.03440.47250.6247-0.36581.55930.1322-0.02660.13660.41970.1280.2932-0.66380.0954-0.14920.4844-0.00110.22150.1463-0.01130.34213.698612.745834.6686
21.5406-0.9203-0.23472.02160.04731.99450.0088-0.14660.07280.1619-0.0053-0.1372-0.10110.18920.01270.1533-0.0505-0.04350.1762-0.01620.09933.340727.15639.3061
32.670.68310.06122.28960.11322.6535-0.02850.1048-0.0801-0.10160.016-0.00360.0253-0.02720.01930.12170.0022-0.03080.14580.00060.083533.919419.736516.7786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 36:170 )A36 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 36:172 )B36 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 36:172 )C36 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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