PDB-6pi7: Crystal structure of the TDRD2 extended Tudor domain in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pi7

タイトル

Crystal structure of the TDRD2 extended Tudor domain in complex with an antibody fragment and the PIWIL1 peptide

要素

Fab antigen-binding fragment
Piwi-like protein 1
Tudor and KH domain-containing protein
Uncharacterized protein

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Fab /

TUDOR domain / PIWIL1 /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

piP-body / primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / pi-body / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation /

piRNA binding / P granule organization / : / piRNA processing / sperm DNA condensation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liu, K. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Methods / 年: 2020
タイトル: Lesson from a Fab-enabled co-crystallization study of TDRD2 and PIWIL1.
著者: Chen, S. / Zhang, W. / Min, J. / Liu, K.

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pi7.cif.gz	466.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pi7.ent.gz	382.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pnwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7dpm-3 2wub-1 6jjp-2 3b2u-2 2dd8-d 7dpm-1 6icc-d 4cmh-d 3b2u-1 7jtg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (11) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tudor and KH domain-containing protein

B: Uncharacterized protein

C: Fab antigen-binding fragment

D: Tudor and KH domain-containing protein

E: Uncharacterized protein

F: Fab antigen-binding fragment

G: Piwi-like protein 1

154 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tudor and KH domain-containing protein

B: Uncharacterized protein

C: Fab antigen-binding fragment

G: Piwi-like protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: homology, see PDB entry 5UCB
77.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Tudor and KH domain-containing protein

E: Uncharacterized protein

F: Fab antigen-binding fragment

登録者が定義した集合体
75.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.099, 148.099, 168.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	306 - 496	3 - 193
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	306 - 496	3 - 193
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	2 - 212	2 - 212
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	E	E	2 - 212	2 - 212
1	3	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	4 - 228	4 - 228
2	3	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	4 - 228	4 - 228

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Tudor and KH domain-containing protein / Tudor domain-containing protein 2 分子量: 24957.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRKH, TDRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2W6
#2: 抗体	Uncharacterized protein 分子量: 24612.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab antigen-binding fragment 分子量: 26348.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド	Piwi-like protein 1 分子量: 1774.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96J94*PLUS
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20.0% (V/V) PEG 3350, 0.2 M tri- lithium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.565
1	1	-K, -H, -L	2	0.435

反射

解像度: 2.8→48.48 Å / Num. obs: 51311 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 580022 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.89	11.6	1.316	51128	4414	0.565	0.404	1.377	1.8	100
11.54-48.48	9.7	0.061	6671	687	0.997	0.02	0.065	32.8	89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.3	データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3pnw

3pnw

解像度: 2.8→48.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 14.663 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.053
詳細: The model was refined with refmac5 twin option and prosmart restraints derived from PDB entries 5ucb and 6b57.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	2561	5 %
R_work	0.1904	-	-
obs	0.1912	48719	99.83 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.78 Å² / B_iso mean: 79.148 Å² / B_iso min: 45.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.85 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-18.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	37.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8993	0	5	0	8998
B_iso mean	-	-	62.32	-	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	7541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	1.637	12675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.199	1.568	17413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.948	5	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.289	22.663	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.369	15	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.349	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	3.584	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.805	3.584	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.365	5.375	6221

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5393	0.05
1	2	D	5393	0.05
2	1	B	4985	0.04
2	2	E	4985	0.04
3	1	C	6046	0.06
3	2	F	6046	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	175	-
R_work	0.254	3560	-
all	-	3735	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7358	0.1905	-1.0602	1.9998	-0.3222	4.7802	-0.0414	0.1843	0.1239	-0.3201	0.0741	0.2007	0.092	0.1535	-0.0327	0.4744	0.0448	-0.0195	0.3374	-0.1106	0.0714	-8.704	68.325	55.477
2	3.9717	0.4273	0.0099	2.1459	0.0221	1.547	0.0053	-0.4311	-0.5781	0.2907	-0.1233	-0.1705	0.3807	0.1249	0.118	0.4222	0.0246	0.0242	0.3803	0.0432	0.103	-1.167	70.927	73.999
3	2.572	-1.0659	0.1746	3.5696	1.3281	2.01	-0.0338	0.4179	-0.6426	-0.4649	-0.0805	0.3038	0.2936	-0.2073	0.1143	0.4831	-0.0393	0.0075	0.5689	-0.1867	0.1892	-15.161	64.776	50.491
4	6.4717	-0.1984	2.8566	0.6924	1.1158	3.4526	0.1205	0.1185	-0.3911	-0.1845	-0.0106	0.1787	-0.2332	0.0523	-0.1099	0.5581	-0.0148	0.0012	0.5198	0.0494	0.7542	-9.849	16.566	20.534
5	2.3962	-0.6782	1.2219	2.7856	-0.2525	3.1412	0.0268	0.589	0.0625	-0.6459	-0.1359	0.1721	-0.4847	0.0788	0.1091	0.8901	-0.0473	0.0056	0.7801	0.0734	1.0804	-2.267	14.347	2.426
6	1.9466	0.6077	0.0421	2.2768	0.0399	1.1602	0.0986	-0.6605	0.2399	-0.0072	-0.0329	0.0936	-0.4324	-0.2502	-0.0657	0.6669	0.0178	0.0059	0.8062	0.0359	1.0387	-16.62	19.3	25.65
7	1.35	-2.5284	-0.2658	5.4432	0.4888	1.9679	-0.2254	-0.1562	-0.3352	0.5829	0.0993	0.0825	0.4478	-0.134	0.1261	0.6565	-0.0368	0.159	0.6952	0.1616	0.5912	18.947	47.934	70.426
8	3.5736	-0.5969	-0.3194	1.0745	-0.1149	3.4064	-0.0754	-0.6907	-0.2829	0.6164	0.2988	-0.4568	-0.0175	0.4522	-0.2234	1.1526	0.1995	-0.0041	0.9685	0.1207	1.142	51.149	33.407	65.802
9	1.9948	0.0968	0.7707	3.4162	-1.1968	1.2065	-0.052	0.707	0.0558	-0.6892	0.0603	0.4444	0.0778	-0.2411	-0.0083	0.6327	-0.0143	0.0734	0.8896	-0.0196	1.074	16.651	40.199	5.564
10	3.2342	0.8461	-0.5747	3.2218	-0.1215	2.7336	0.1903	0.1266	0.3059	-0.1535	0.0759	0.4224	-0.18	0.053	-0.2662	0.5407	-0.0367	0.1579	0.4192	-0.0608	0.1752	48.097	55.267	9.055
11	4.2444	-2.5967	-1.238	2.4606	1.0762	1.3817	0.1337	0.1136	-0.721	-0.2687	-0.2052	0.0627	0.1134	0.0166	0.0715	0.4948	-0.011	0.1648	0.3788	-0.0186	0.32	20.952	57.017	51.728
12	2.0939	-2.5792	0.9226	3.4789	-1.7134	2.3222	-0.0512	-0.322	-0.4197	-0.0057	0.2881	0.2471	0.6037	0.0531	-0.2369	0.8333	0.0585	0.1002	0.7727	0.0349	1.0277	45.478	30.705	50.621
13	3.3265	0.4781	0.1778	0.7818	-0.1643	0.4861	0.1948	-0.057	-0.033	-0.0031	-0.0608	0.3581	0.0446	-0.1949	-0.134	0.5752	-0.0116	0.0979	0.5052	-0.0418	0.8399	19.151	29.733	24.195
14	3.8625	0.0554	1.2503	0.3961	-0.9733	3.8871	0.073	-0.0177	0.2491	0.1007	0.1662	0.2256	-0.5811	-0.0815	-0.2392	0.6348	-0.064	0.2626	0.5171	-0.0637	0.4816	42.76	58.201	24.755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	306 - 326
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	327 - 417
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	418 - 497
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	306 - 326
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	327 - 417
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	418 - 497
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	109 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	109 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	4 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	127 - 228
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	4 - 126
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	127 - 228

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