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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pi7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TDRD2 extended Tudor domain in complex with an antibody fragment and the PIWIL1 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Fab / TUDOR domain / PIWIL1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 piP-body / primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / pi-body / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / P granule organization / piRNA binding / piRNA processing / sperm DNA condensation ...piP-body / primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / pi-body / : / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / P granule organization / piRNA binding / piRNA processing / sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / fertilization / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, K. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Methods / 年: 2020 タイトル: Lesson from a Fab-enabled co-crystallization study of TDRD2 and PIWIL1. 著者: Chen, S. / Zhang, W. / Min, J. / Liu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pi7.cif.gz | 466.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pi7.ent.gz | 382.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pi7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pi7_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pi7_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pi7_validation.xml.gz | 41.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pi7_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3pnwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24957.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRKH, TDRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2W6 #2: 抗体 | 分子量: 24612.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 26348.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1774.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96J94*PLUS #5: 化合物 | ChemComp-UNX / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20.0% (V/V) PEG 3350, 0.2 M tri- lithium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.8→48.48 Å / Num. obs: 51311 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 580022 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3pnw 解像度: 2.8→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.663 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.053 詳細: The model was refined with refmac5 twin option and prosmart restraints derived from PDB entries 5ucb and 6b57.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.78 Å2 / Biso mean: 79.148 Å2 / Biso min: 45.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→48.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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