PDB-6phc: Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2544

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6phc

タイトル

Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2544

要素

25 kDa ookinete surface antigen
2544 Antibody Fab, Heavy Chain
2544 Antibody Fab, Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

McLeod, B.R. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25.
著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...

履歴

登録	2019年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6phc.cif.gz	463.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6phc.ent.gz	381.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6phc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6phc_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6phc_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	6phc_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	6phc_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6phbC 6phdC 6phfC 6phgC 6phhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5sx5-2 5ogk-2 4zs7-d 6qsk-3 6qsk-1 4lvh-4 5sx4-2 7aas-3 5vag-d 6b0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

I: 25 kDa ookinete surface antigen

A: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

B: 2544 Antibody Fab, Light Chain

E: 25 kDa ookinete surface antigen

C: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

D: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

137 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

I: 25 kDa ookinete surface antigen

A: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

B: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 25 kDa ookinete surface antigen

C: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

D: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.220, 141.220, 164.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25 分子量: 20233.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
#2: 抗体	2544 Antibody Fab, Heavy Chain 分子量: 24460.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	2544 Antibody Fab, Light Chain 分子量: 23834.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M HEPES NaOH, pH 7.5, 20 % (w/v) PEG 4000, 10 % (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 42529 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.236 / R_pim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4085 / CC_1/2: 0.533 / R_pim(I) all: 0.249 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.9→39.568 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	2124	5 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2022	42482	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8976	0	24	0	9000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.582	12519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.189	5579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-2.9675	0.3066	141	0.2826	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9675-3.0417	0.3217	139	0.2761	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0417-3.1239	0.3046	140	0.2709	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1239-3.2158	0.3278	140	0.2626	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2158-3.3195	0.3009	140	0.2356	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3195-3.4381	0.2789	142	0.2179	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4381-3.5757	0.2536	139	0.2104	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5757-3.7383	0.2421	141	0.2036	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7383-3.9352	0.2446	142	0.1981	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9352-4.1815	0.2286	140	0.1676	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1815-4.5039	0.1964	140	0.158	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5039-4.9564	0.1735	142	0.1567	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9564-5.6718	0.2181	144	0.1871	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6718-7.1391	0.2522	143	0.2193	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1391-39.5716	0.2262	151	0.2017	2856	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.108	0.0242	-1.2255	6.8098	1.3448	5.0514	0.1316	-0.1558	-0.2411	0.8969	-0.1016	0.5493	0.1765	-0.438	-0.1635	0.5285	-0.0011	0.0936	0.5045	0.0802	0.6223	39.9247	16.9258	45.6647
2	3.3828	-1.7004	-0.3461	2.5632	-1.4843	2.1779	-0.0417	-0.5937	0.106	0.7405	0.1493	1.2242	-0.1659	-1.4512	-0.0679	0.7903	0.1203	0.2671	0.9788	0.0334	0.9539	27.5839	22.7017	55.6532
3	4.7791	-2.0061	0.6687	1.6211	1.0265	2.2729	-0.2765	0.3102	-0.7332	-0.2695	0.5499	0.9947	0.4857	-0.9191	-0.2938	0.6458	-0.1438	-0.0369	0.9407	0.0037	1.0692	25.3011	9.8811	35.0954
4	2.2551	-0.6115	-1.2688	4.0002	-1.3275	6.1084	-0.2721	-0.4165	-0.5317	0.166	-0.1369	-0.1666	1.1913	0.2113	0.3122	0.91	0.0242	0.0775	0.4692	0.0989	0.753	48.4093	4.8137	42.923
5	1.4567	0.7163	-0.016	3.2833	-0.5516	1.0671	-0.091	-0.0877	-0.0498	0.0986	0.1243	0.183	-0.0229	-0.1224	-0.035	0.3991	0.0556	0.0054	0.3876	-0.0191	0.3994	47.8423	35.0329	32.0356
6	0.247	0.0811	-0.8919	1.7198	-0.4005	3.309	0.0467	0.2069	0.0935	-0.0005	0.0332	0.0308	-0.1722	-0.2262	-0.0627	0.2878	0.0112	-0.0221	0.4358	0.0156	0.4379	58.3337	56.7408	5.6134
7	1.7096	-0.1497	-1.2339	2.514	0.1931	3.6936	-0.1779	0.0834	-0.0816	-0.2412	-0.0192	0.0279	0.4869	-0.198	0.1964	0.4995	0.0343	-0.0595	0.2905	-0.0063	0.4118	52.6127	20.6658	16.1893
8	2.0705	2.6333	0.6689	5.147	-0.1166	2.5468	-0.0736	-0.0611	-0.2699	-0.4481	0.0387	-0.7945	0.0831	0.5414	0.0222	0.4068	0.0346	0.0948	0.5355	-0.0378	0.5143	71.4506	48.5805	1.839
9	4.6001	0.7457	-2.4684	4.9622	0.6866	6.3192	-0.1785	0.546	-0.0224	-0.0889	-0.2263	0.6601	0.3644	-1.2258	0.3727	0.4652	-0.0029	-0.001	0.614	-0.2082	0.6298	6.7204	47.9588	21.4294
10	1.4278	-1.2362	0.9555	1.8878	-0.1679	1.1765	-0.5821	0.3736	-0.1192	-0.0608	-0.446	0.1186	0.8304	-0.6669	0.9513	0.9972	-0.1459	0.2643	0.77	-0.3406	0.8967	8.4308	31.5639	13.3493
11	5.5427	-2.7133	-0.6912	4.3221	-0.4391	3.7508	0.3872	-0.8588	-0.3089	-0.0729	-0.2246	0.2213	0.8007	0.0078	-0.1467	1.1708	-0.1493	0.2171	0.8142	-0.118	0.9798	1.1318	37.4263	36.615
12	4.0171	1.4569	-0.2146	2.0897	0.1411	0.8649	0.0676	0.0727	-0.0573	0.07	-0.2062	0.064	0.0756	0.0454	0.1178	0.4748	0.1091	0.0056	0.3749	-0.0314	0.3953	28.7481	55.4696	27.8571
13	1.2769	0.4969	-0.4417	0.4412	0.5511	2.8973	-0.0834	-0.7378	0.4194	0.5206	0.4288	-0.5465	0.0083	0.4451	-0.2785	0.7024	0.1974	-0.189	0.6828	-0.2456	0.6318	57.919	67.0253	45.2403
14	2.5471	0.1554	0.0676	1.9303	0.8817	2.889	-0.0497	-0.1794	0.1117	0.3673	-0.1319	0.107	0.1407	-0.0303	0.16	0.5481	0.1274	0.0537	0.4157	-0.0266	0.4216	19.8218	65.6098	44.9335
15	3.2401	0.2023	-0.8854	1.5372	0.1961	2.805	-0.2181	-0.2577	0.6848	-0.1983	0.3578	-0.3055	-0.2278	0.0994	-0.1753	0.7377	0.0032	-0.0834	0.6027	-0.2909	0.7686	52.812	81.5629	48.4733
16	3.3038	2.2059	0.7131	6.6705	1.6151	2.3035	0.0913	0.0107	0.3529	-0.0572	-0.4355	2.0968	0.0942	-0.7244	0.2413	0.5005	0.1043	0.0274	0.8062	-0.303	1.2127	-2.6776	57.4957	27.6458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'I' and (resid 1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'I' and (resid 39 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'I' and (resid 87 through 131 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'I' and (resid 132 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 114 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 108 through 213 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 1 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 39 through 86 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 87 through 131 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 113)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 114 through 216)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 108 through 213 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 132 through 159 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)