PDB-6pgl: Structure of Kluyveromyces marxianus Usb1 with uridine monophosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pgl

タイトル

Structure of Kluyveromyces marxianus Usb1 with uridine monophosphate

要素

Uncharacterized protein YLR132C

キーワード

HYDROLASE / exonuclease / U6 snRNA / 2H phosphodiesterase superfamily

機能・相同性

U6 snRNA phosphodiesterase 1 / Uncharacterised conserved protein / U6 snRNA 3'-end processing / nuclease activity / Chem-PG6 / TRIETHYLENE GLYCOL / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Uncharacterized protein YLR132C

機能・相同性情報

生物種

Kluyveromyces marxianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.845 Å

データ登録者

Nomura, Y. / Montemayor, E.J. / Butcher, S.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R01 GM065166	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R35 GM118131	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the evolution of cyclic phosphodiesterase activity in the U6 snRNA exoribonuclease Usb1.
著者: Nomura, Y. / Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hayes, S.M. / Butcher, S.E.

履歴

登録	2019年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pgl.cif.gz	271.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pgl.ent.gz	217.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pgl_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pgl_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6pgl_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	6pgl_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pfqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ojq-d 1wr2-d 6pfq-2 2bsh-d 6p7f-d 4u02-3 5v1v-d 1p1o-d 6d34-d 4f9t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YLR132C

B: Uncharacterized protein YLR132C

C: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

76.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein YLR132C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.957, 110.344, 114.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YLR132C / U6 snRNA phosphodiesterase 分子量: 24478.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (strain DMKU3-1042 / BCC 29191 / NBRC 104275) (酵母) 株: DMKU3-1042 / BCC 29191 / NBRC 104275 / 遺伝子: KLMA_50491 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0TCJ5

-
非ポリマー , 7種, 438分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 324.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE 分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 M potassium sodium tartrate, 100 mM HEPES, 30% glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→79.52 Å / Num. obs: 82782 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.84→2.04 Å / Num. unique obs: 2827

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
STARANISO		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.845→55.172 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 26.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	3843	3.64 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1894	105619	71.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.845→55.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4771	0	198	419	5388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	6854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.835	4123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	806
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	869

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8446-1.868	0.5194	6	0.4415	91	X-RAY DIFFRACTION	2
1.868-1.8925	0.3406	2	0.3347	183	X-RAY DIFFRACTION	3
1.8925-1.9185	0.483	5	0.3354	194	X-RAY DIFFRACTION	4
1.9185-1.9459	0.3734	10	0.3129	387	X-RAY DIFFRACTION	7
1.9459-1.9749	0.3845	21	0.296	603	X-RAY DIFFRACTION	12
1.9749-2.0058	0.3628	46	0.2736	1195	X-RAY DIFFRACTION	23
2.0058-2.0387	0.2519	75	0.2846	1627	X-RAY DIFFRACTION	31
2.0387-2.0738	0.2875	81	0.2663	2060	X-RAY DIFFRACTION	39
2.0738-2.1115	0.2815	114	0.2615	2761	X-RAY DIFFRACTION	53
2.1115-2.1522	0.2859	144	0.2674	3868	X-RAY DIFFRACTION	73
2.1522-2.1961	0.3006	176	0.2667	4690	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1961-2.2438	0.3128	189	0.2569	5069	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2438-2.296	0.2748	184	0.2495	5274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3535	0.2634	194	0.2378	5271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.4171	0.2736	210	0.2237	5302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4171-2.4882	0.2564	200	0.213	5263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4882-2.5685	0.2518	191	0.2113	5245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5685-2.6603	0.2353	197	0.2043	5292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6603-2.7668	0.2325	203	0.1965	5225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7668-2.8928	0.238	209	0.194	5294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8928-3.0453	0.2202	191	0.1867	5281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0453-3.236	0.2226	196	0.1739	5255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.4859	0.1908	205	0.1722	5278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4859-3.8366	0.1674	186	0.156	5294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8366-4.3915	0.1957	200	0.1415	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3915-5.5321	0.198	205	0.1513	5249	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5321-55.1967	0.1817	203	0.1883	5257	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7014	-0.2366	0.4835	0.2082	0.029	0.572	-0.0671	-0.1925	-0.0873	0.0129	0.0017	-0.0591	0.0737	0.0345	-0	0.2029	-0.0208	0.026	0.2196	-0.01	0.179	-23.7087	-27.6226	-2.0303
2	1.1505	0.0377	-0.1494	0.0586	-0.1026	0.8178	0.0347	0.0752	0.2324	0.0041	-0.015	-0.0531	-0.0734	0.0282	-0	0.1693	-0.0061	0.0265	0.1609	0.0256	0.2508	-17.5557	-13.7312	-8.8639
3	1.0494	-0.1533	-0.1641	0.6648	-0.1853	0.4716	0.0563	0.0015	0.0178	0.0064	-0.0282	0.0823	-0.032	-0.0027	0	0.1848	0.0147	-0.0005	0.2293	0.001	0.1619	-27.1186	-22.6695	-6.9653
4	0.6846	0.4431	0.2026	1.2344	0.9244	1.0876	-0.0729	0.0677	-0.223	-0.2794	0.1206	-0.3206	-0.0441	0.33	-0.0051	0.2725	-0.0515	0.0209	0.317	-0.0624	0.2322	-6.311	-38.0781	-29.5799
5	0.3972	0.2973	-0.1528	0.4424	0.4722	0.2256	-0.0914	0.0482	0.0197	-0.3003	-0.0143	0.1006	-0.1748	0.0194	-0.0214	0.3352	-0.0039	-0.0631	0.2488	-0.0465	0.197	-14.9976	-33.0422	-31.9265
6	0.1836	-0.0182	-0.0904	0.2033	0.108	0.2351	-0.1215	0.1688	-0.0898	-0.1019	-0.0091	0.1581	0.0799	-0.0894	-0.1666	0.2702	-0.0319	-0.0214	0.2805	-0.1077	0.2545	-17.8277	-45.2916	-28.6877
7	0.077	-0.0205	-0.0644	0.1313	-0.0181	0.0353	0.0413	-0.3741	0.1475	0.2078	-0.3803	0.3399	-0.0337	-0.5791	-0.0481	0.3221	-0.0736	0.0603	0.3689	-0.1263	0.2871	-24.6816	-48.3277	-20.9429
8	0.0146	-0.0103	-0.0262	0.0202	0.0133	0.0112	0.056	-0.1954	0.0937	0.1413	-0.1779	0.097	0.0504	0.0385	0.0001	0.3178	-0.0427	-0.0389	0.3925	-0.0572	0.2331	-9.0801	-39.3709	-11.5862
9	0.4469	-0.1186	0.1852	0.5412	-0.2027	0.1599	-0.1686	-0.0135	-0.5365	-0.1865	0.5805	-0.4952	-0.3019	0.4541	0.3249	0.365	-0.2914	0.132	0.4634	-0.3514	0.2757	0.1251	-29.9762	-33.3678
10	0.2061	0.0003	0.2237	0.8679	-0.4178	0.5396	0.052	-0.0279	0.0212	-0.4736	0.1439	-0.0019	-0.1178	-0.1104	0.0627	0.3008	-0.0378	-0.0034	0.2063	0.0241	0.2738	-19.0051	-49.5282	4.0705
11	0.6144	0.8648	-0.249	0.8062	-0.2221	0.5605	-0.0836	-0.2419	-0.155	-0.825	0.0361	-0.1143	-0.3762	-0.1343	-0.1707	0.3138	-0.0335	0.0365	0.025	0.0847	0.2322	-13.0162	-48.1422	4.1667
12	0.0026	-0.0019	0.0488	0.026	-0.0894	0.3699	0.1333	0.0933	-0.3039	-0.3081	-0.1404	-0.0505	0.3197	0.6969	-0.0807	0.9091	-0.0857	0.4054	0.4313	-0.1793	1.0143	-0.1217	-68.4539	-5.0738
13	0.2219	0.021	0.1042	0.0031	-0.0729	0.1468	0.0808	-0.1645	-0.0814	-0.0149	-0.084	-0.065	0.0747	-0.0327	0.0102	0.2087	-0.016	-0.001	0.1654	0.0662	0.244	-13.5358	-55.4668	10.014
14	0.1079	-0.0842	-0.0087	0.1601	0.1508	0.1075	-0.1496	-0.2728	-0.3576	0.1314	-0.0093	-1.0114	0.3075	0.1479	-0.0855	0.3069	0.2261	0.1628	-0.8836	0.339	0.7056	-8.8685	-69.3119	7.0877
15	0.035	0.1174	-0.0287	0.0494	-0.0255	0.2186	0.0048	-0.3623	-0.2811	-0.2725	-0.0234	-0.3027	-0.1865	0.0599	-0.0495	0.1948	-0.0667	0.0097	0.256	0.1098	0.3318	-6.7089	-50.0729	12.0353
16	0.3907	0.1457	-0.3736	1.1373	-0.7218	0.3733	-0.1679	-0.1164	-0.122	-0.2783	0.0526	0.0707	-0.0846	-0.024	-0.1115	0.2521	-0.0506	0.0309	0.2448	0.0493	0.225	-16.3611	-53.6035	9.3315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 58 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 62 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 159 through 206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 207 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 226 through 243 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 244 through 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 255 through 275 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 61 through 96 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 97 through 128 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 129 through 145 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 146 through 177 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 178 through 194 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 195 through 225 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 226 through 275 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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