PDB-6pfr: rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the fluorescent on-state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfr

タイトル

rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the fluorescent on-state

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Green Fluorescent Protein

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structural Evidence of Photoisomerization Pathways in Fluorescent Proteins.
著者: Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Data collection / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_poly Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfr.cif.gz	118.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfr.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pfr_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pfr_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	6pfr_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6pfr_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pfsC 6pftC 6pfuC 5dtxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3la1-d 6oa8-d 6pft-d 5dpg-d 3ssl-d 6dq1-d 6rxm-6 2hcg-d 4u39-9 5o8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.699, 62.489, 67.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 1.76 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES; Cryoprotectant 1 M sucrose, 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES. Temp details: Room temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→39.371 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 93.52 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01152 / R_rim(I) all: 0.0163 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.51→1.564 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.3537 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 3364 / CC_1/2: 0.854 / R_rim(I) all: 0.5002 / % possible all: 99.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DTX

5dtx

解像度: 1.51→39.371 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	1610	5 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1889	32177	93.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→39.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1898	0	0	216	2114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.781	2697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.049	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5098-1.5542	0.3793	138	0.3405	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5542-1.6044	0.2904	128	0.2852	2506	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6044-1.6617	0.2789	94	0.2716	1725	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6617-1.7282	0.3578	121	0.2509	2177	X-RAY DIFFRACTION	80
1.7282-1.8069	0.2739	113	0.2293	2297	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8069-1.9021	0.2408	144	0.2115	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9021-2.0213	0.2357	134	0.1926	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0213-2.1774	0.2236	151	0.1812	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1774-2.3965	0.2278	142	0.178	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3965-2.7432	0.1841	146	0.1815	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7432-3.4558	0.1979	148	0.1786	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4558-39.3842	0.1806	151	0.1672	2905	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.345	3.2532	-2.8502	4.807	-4.4354	4.1771	-0.2479	0.7634	0.3373	0.0156	0.0142	-0.096	-0.5684	0.6202	0.3854	0.4263	-0.0278	0.0034	0.4086	0.0872	0.7085	-24.3452	22.8905	-10.4071
2	4.2125	2.543	-0.1273	2.2693	-0.2189	1.2408	0.0442	0.0336	0.0278	0.1718	-0.0951	0.2235	0.0518	-0.1923	0.0827	0.194	0.016	0.0043	0.2192	-0.0032	0.2444	-34.4452	2.53	2.2397
3	1.3949	-0.3022	0.0564	0.9844	-0.2047	1.6017	0.0138	0.1137	0.0512	0.0026	-0.0644	-0.1366	-0.0005	0.0111	0.0575	0.1588	0.0211	-0.0077	0.1792	0.0031	0.2647	-25.062	5.18	-3.8719
4	1.2465	1.6007	0.0689	6.9389	-0.592	1.6746	-0.0143	0.1251	0.0199	-0.0355	0.0307	0.5242	0.1202	-0.1778	-0.0523	0.1233	0.0176	-0.0022	0.1929	-0.0045	0.2085	-34.4494	3.5337	-5.7886
5	3.2881	-1.2328	0.1291	0.6361	-0.4657	4.3186	-0.2684	-0.2071	-0.5487	0.0106	0.1214	-0.1776	0.4289	0.1224	0.0244	0.2936	0.0465	0.023	0.1949	0.0296	0.3381	-23.6644	-11.168	5.0894
6	2.9111	-0.9171	-0.9999	5.9915	-2.856	6.575	0.2502	0.3207	0.1543	-0.4756	-0.2454	-0.3324	0.0869	0.2086	-0.0269	0.2415	0.0546	0.0405	0.2283	-0.0034	0.2988	-18.6056	-0.0109	-11.9131
7	2.5222	-1.9429	0.8321	4.0215	-2.6071	3.0899	0.0398	0.2715	0.1208	-0.0176	-0.1801	-0.3025	0.0543	0.0696	0.057	0.2134	0.0136	-0.0072	0.2105	-0.0225	0.2672	-22.9214	0.6353	-11.2088
8	2.9342	1.0085	-2.3327	1.1186	-1.8236	7.8552	-0.0535	-0.3323	0.0594	0.3319	-0.0687	-0.2032	-0.2437	0.3073	0.012	0.2605	0.0623	-0.0346	0.1208	-0.0508	0.3097	-22.2276	4.0729	6.6487
9	3.5912	1.1805	-3.2518	1.8035	-1.2481	4.9005	-0.1158	0.0745	0.0852	-0.3604	0.0009	-0.2753	0.0051	0.4037	-0.0735	0.2686	0.0127	-0.0094	0.3199	0.016	0.3995	-10.7362	11.7188	-5.8494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 130 through 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 149 through 171 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 172 through 199 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 200 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 218 through 239 )

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