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- PDB-6pey: MTHFR with mutation Asp120Ala -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pey
タイトルMTHFR with mutation Asp120Ala
要素Methylenetetrahydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / METHYLTRANSFERASE / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / peroxidase activity / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
5,10-methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase-like / Methylenetetrahydrofolate reductase / TIM Barrel - #220 / FAD-linked oxidoreductase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Methylenetetrahydrofolate reductase / 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Gallagher, E.L. / Gurney, L.A. / Frasco, F.G. / Trimmer, E. / Bolen, R.L. / Collins, K. / Garland, E. / Halloran, J. / Handley-Pendelton, J. / Hernandez, V. ...Gallagher, E.L. / Gurney, L.A. / Frasco, F.G. / Trimmer, E. / Bolen, R.L. / Collins, K. / Garland, E. / Halloran, J. / Handley-Pendelton, J. / Hernandez, V. / Leffler, S. / Perez, A. / Soares, A. / Stojanoff, V. / Williams, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM111244 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012704 米国
Department of Energy (DOE, United States)KP1605010 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Examination of Asp120Ala a Chemically Important Novel Mutation in the Enzyme Mthylenetetrahydrofolate Reductase
著者: Gallagher, E.L. / Gurney, L.A. / Frasco, F.G. / Bolen, R.L. / Garland, E. / Halloran, J. / Handley-Pendelton, J. / Hernandez, V. / Leffler, S. / Perez, A. / Soares, A. / Stojanoff, V. / Williams, D.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylenetetrahydrofolate reductase
B: Methylenetetrahydrofolate reductase
C: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8726
ポリマ－102,5163
非ポリマー2,3573
水543
1
A: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9572
ポリマ－34,1721
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9572
ポリマ－34,1721
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9572
ポリマ－34,1721
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Methylenetetrahydrofolate reductase
C: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9154
ポリマ－68,3442
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
5
B: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子

B: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9154
ポリマ－68,3442
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.747, 127.744, 95.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B
22C
13C
23A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 300
2114B1 - 300
1124B1 - 300
2124C1 - 300
1134C1 - 300
2134A1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Methylenetetrahydrofolate reductase


分子量: 34171.844 Da / 分子数: 3 / 変異: D120A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3SIT0, UniProt: P0AEZ1*PLUS, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MembFac / PH範囲: 4.6-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→28.97 Å / Num. obs: 22352 / % possible obs: 98.24 % / Observed criterion σ(F): 0.708 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.87→2.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.43 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zp3

1zp3


解像度: 2.88→28.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 18.202 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 1131 4.8 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1905 22352 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 233.5 Å2 / Biso mean: 74.348 Å2 / Biso min: 34.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å20.03 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→28.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6469 0 159 3 6631
Biso mean--117.77 59.97 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.6439244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2321.57514118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9715842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97221.74339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.238151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3091547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021443
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4164MEDIUM POSITIONAL0.540.5
1A4164MEDIUM THERMAL10.552
2B4066MEDIUM POSITIONAL0.560.5
2B4066MEDIUM THERMAL9.172
3C3986MEDIUM POSITIONAL0.540.5
3C3986MEDIUM THERMAL9.272
LS精密化 シェル解像度: 2.882→2.957 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 91 -
Rwork0.334 1392 -
all-1483 -
obs--85.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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