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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pex | ||||||
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タイトル | An aldo keto reductase with 2-keto- L-gulonate reductase activity | ||||||
![]() | aldo keto reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / D-isomer-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase / L-tartaric acid pathway / 2-keto-L-gulonic acid / Ascorbic acid degradation | ||||||
機能・相同性 | ![]() glyoxylate reductase / glyoxylate reductase (NADH) activity / D-lactate dehydrogenase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / NAD binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yong, J. / Crystal, S. / Robert, D.H. / John, B.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An aldo-keto reductase with 2-keto-l-gulonate reductase activity functions in l-tartaric acid biosynthesis from vitamin C inVitis vinifera. 著者: Jia, Y. / Burbidge, C.A. / Sweetman, C. / Schutz, E. / Soole, K. / Jenkins, C. / Hancock, R.D. / Bruning, J.B. / Ford, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3bazS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36146.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.26 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate/acetic acid (pH 4.5), 200 mM sodium chloride. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→47.15 Å / Num. obs: 188965 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 661190 / Scaling rejects: 99 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Num. unique obs: 9119 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.427 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BAZ 解像度: 1.581→27.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 33.62 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.47 Å2 / Biso mean: 20.9948 Å2 / Biso min: 1.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.581→27.7 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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