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- PDB-6peu: Structure of YcaO enzyme from Methanocaldococcus jannaschii in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6peu
タイトルStructure of YcaO enzyme from Methanocaldococcus jannaschii in complex with peptide
要素
  • GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
  • Uncharacterized protein MJ1094
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / YcaO / ATP / thioamide / Methanocaldococcus jannaschii
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal ...Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Uncharacterized protein MJ1094
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dong, S.-H. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079038 米国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic Basis for Ribosomal Peptide Backbone Modifications.
著者: Dong, S.H. / Liu, A. / Mahanta, N. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ1094
B: Uncharacterized protein MJ1094
C: Uncharacterized protein MJ1094
D: Uncharacterized protein MJ1094
M: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
N: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
P: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
Q: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,73319
ポリマ－182,5348
非ポリマー2,19911
水17,330962
1
A: Uncharacterized protein MJ1094
M: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1895
ポリマ－45,6332
非ポリマー5563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein MJ1094
N: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1895
ポリマ－45,6332
非ポリマー5563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein MJ1094
P: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1654
ポリマ－45,6332
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein MJ1094
Q: GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1895
ポリマ－45,6332
非ポリマー5563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.324, 149.755, 105.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ1094


分子量: 44228.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58494
#2: タンパク質・ペプチド
GLY-ARG-LEU-GLY-PHE-TYR-GLY-TYR-ASP-LEU-GLN-ASP


分子量: 1404.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
参照: UniProt: Q58256*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M 1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.05 M imidazole and 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid ...詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M 1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.05 M imidazole and 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.5, 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.02 M ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→102.7 Å / Num. obs: 125182 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 9108

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.652 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23736 6274 5 %RANDOM
Rwork0.19485 ---
obs0.19702 118511 95.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.968 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å2-0 Å20.48 Å2
2---0.96 Å2-0 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12760 0 131 962 13853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01913125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.98617722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14451572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44524.371620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.663152469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4451592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5173.366312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4275.0317876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0443.6726813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.80547.31820777
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 455 -
Rwork0.271 9108 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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