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- PDB-5zig: The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermoph... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zig | ||||||
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Title | The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermophila DSM 6192 | ||||||
![]() | Cellobiose 2-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / isomerization / epimerization / lactose / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermophila DSM 6192 Authors: Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 649.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 542.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 922.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 929.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 86.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46010.617 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 49972 / DSM 6192 / RI 19.B1 / Gene: STHERM_c00950 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: E0RU15, cellobiose epimerase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Ca Acetate, 0.1M Bis-Tris-HCl, pH8.5, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→102.6 Å / Num. obs: 96356 / % possible obs: 86.55 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.86 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 6722 / CC1/2: 0.794 / Rrim(I) all: 0.52 / % possible all: 82.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.05→32.746 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.4 / Phase error: 29.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→32.746 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 52.0563 Å / Origin y: 138.1451 Å / Origin z: 20.874 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |