[日本語] English
万見
- PDB-6pd4: Crystal Structure of Hendra Virus Attachment G Glycoprotein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pd4
タイトルCrystal Structure of Hendra Virus Attachment G Glycoprotein
要素Attachment glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Hendra virus / attachment / glycoprotein / G protein / receptor / ephrin-B2 / henipavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein / Glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Hendra henipavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xu, K. / Nikolov, D.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NS38486 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI057168 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI054715 米国
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2012
タイトル: New insights into the Hendra virus attachment and entry process from structures of the virus G glycoprotein and its complex with Ephrin-B2.
著者: Xu, K. / Chan, Y.P. / Rajashankar, K.R. / Khetawat, D. / Yan, L. / Kolev, M.V. / Broder, C.C. / Nikolov, D.B.
#1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2012
タイトル: Site occupancy and glycan compositional analysis of two soluble recombinant forms of the attachment glycoprotein of Hendra virus.
著者: Colgrave, M.L. / Snelling, H.J. / Shiell, B.J. / Feng, Y.R. / Chan, Y.P. / Bossart, K.N. / Xu, K. / Nikolov, D.B. / Broder, C.C. / Michalski, W.P.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Attachment glycoprotein
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,00923
ポリマ－98,8622
非ポリマー5,14621
水10,863603
1
A: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,89012
ポリマ－49,4311
非ポリマー2,45911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,11811
ポリマ－49,4311
非ポリマー2,68710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.152, 73.244, 109.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 176 through 604 or resid 3061 through 4811 or resid 5293 through 5294))
21(chain B and (resid 176 through 604 or resid 4171 through 5292 or resid 5296 through 5297))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 176 through 604 or resid 3061 through 4811 or resid 5293 through 5294))A176 - 604
121(chain A and (resid 176 through 604 or resid 3061 through 4811 or resid 5293 through 5294))A3061 - 4811
131(chain A and (resid 176 through 604 or resid 3061 through 4811 or resid 5293 through 5294))A5293 - 5294
211(chain B and (resid 176 through 604 or resid 4171 through 5292 or resid 5296 through 5297))B176 - 604
221(chain B and (resid 176 through 604 or resid 4171 through 5292 or resid 5296 through 5297))B4171 - 5292
231(chain B and (resid 176 through 604 or resid 4171 through 5292 or resid 5296 through 5297))B5296 - 5297

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Attachment glycoprotein / Glycoprotein


分子量: 49431.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hendra henipavirus (ウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: F4YH71, UniProt: O89343*PLUS

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 616分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG2000MME and 130 mM (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 51943 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 169409
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.282.50.23746970.662188.6
2.28-2.372.70.21150100.641194
2.37-2.482.90.18150900.662196.5
2.48-2.6130.15951670.691197.5
2.61-2.773.10.13552150.71198.4
2.77-2.993.40.11952980.791199.5
2.99-3.293.70.10453200.9199.8
3.29-3.763.80.08253111.2021100
3.76-4.743.70.06553791.68199.9
4.74-403.70.04154560.962199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.924 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 2619 5.05 %
Rwork0.1667 49285 -
obs0.1687 51904 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.72 Å2 / Biso mean: 32.5236 Å2 / Biso min: 12.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→36.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 0 323 603 7734
Biso mean--55.56 35.97 -
残基数----865
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4084X-RAY DIFFRACTION10.95TORSIONAL
12B4084X-RAY DIFFRACTION10.95TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.23140.26921000.20472008210876
2.2314-2.27430.26231370.20262385252290
2.2743-2.32070.26321300.19022444257492
2.3207-2.37120.25461480.1882535268395
2.3712-2.42630.20821380.18052571270996
2.4263-2.4870.20721240.18052572269697
2.487-2.55420.23561600.17642592275298
2.5542-2.62940.19931290.17782617274698
2.6294-2.71420.22651440.17182622276698
2.7142-2.81120.2411420.17942668281099
2.8112-2.92370.20261650.17482627279299
2.9237-3.05670.22051300.18132683281399
3.0567-3.21780.23471250.165626922817100
3.2178-3.41920.18571500.160326532803100
3.4192-3.6830.18491260.159227302856100
3.683-4.05320.18131730.148226662839100
4.0532-4.63880.17771190.135227172836100
4.6388-5.84060.17381140.151927422856100
5.8406-36.92880.22441650.187627612926100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る