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- PDB-6pd1: PntC-AEPT: fusion protein of phosphonate-specific cytidylyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pd1
タイトルPntC-AEPT: fusion protein of phosphonate-specific cytidylyltransferase and 2-aminoethylphosphonate (AEP) transaminase from Treponema denticola
要素Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Phosphonate / Cytidylyltransferase / Cytidine monophosphate- 2-aminoethylphosphonate (CMP-AEP)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase activity / organic phosphonate catabolic process
類似検索 - 分子機能
2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Whiteside, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2014-05018 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The predominance of nucleotidyl activation in bacterial phosphonate biosynthesis.
著者: Rice, K. / Batul, K. / Whiteside, J. / Kelso, J. / Papinski, M. / Schmidt, E. / Pratasouskaya, A. / Wang, D. / Sullivan, R. / Bartlett, C. / Weadge, J.T. / Van der Kamp, M.W. / Moreno- ...著者: Rice, K. / Batul, K. / Whiteside, J. / Kelso, J. / Papinski, M. / Schmidt, E. / Pratasouskaya, A. / Wang, D. / Sullivan, R. / Bartlett, C. / Weadge, J.T. / Van der Kamp, M.W. / Moreno-Hagelsieb, G. / Suits, M.D. / Horsman, G.P.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
B: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
C: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
D: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,27227
ポリマ－280,5954
非ポリマー1,67723
水3,099172
1
A: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
C: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,22515
ポリマ－140,2972
非ポリマー92813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area47110 Å2
手法PISA
2
B: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
D: Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,04612
ポリマ－140,2972
非ポリマー74910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area45250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.053, 129.012, 135.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Nucleotidyl transferase/aminotransferase, class V


分子量: 70148.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (strain ATCC 35405 / CIP 103919 / DSM 14222) (バクテリア)
株: ATCC 35405 / CIP 103919 / DSM 14222 / 遺伝子: TDE_1415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73MU2

-
非ポリマー , 6種, 195分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.01 M nickel II chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 1.0 M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→38 Å / Num. obs: 82344 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / Num. unique obs: 4114

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JYK, 1VJO

1jyk

1vjo


解像度: 2.72→38 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 4101 4.98 %
Rwork0.1989 --
obs0.2006 82314 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19241 0 90 172 19503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00519689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94826603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5211897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7184-2.75040.34461340.28842701X-RAY DIFFRACTION100
2.7504-2.78390.33141580.27152687X-RAY DIFFRACTION100
2.7839-2.81920.30011390.26492637X-RAY DIFFRACTION100
2.8192-2.85630.29531540.24822691X-RAY DIFFRACTION100
2.8563-2.89540.29181320.24212710X-RAY DIFFRACTION100
2.8954-2.93680.31351290.252692X-RAY DIFFRACTION100
2.9368-2.98060.3261390.24232685X-RAY DIFFRACTION100
2.9806-3.02720.28561330.23652715X-RAY DIFFRACTION100
3.0272-3.07680.29721440.22512700X-RAY DIFFRACTION100
3.0768-3.12990.26971330.21412674X-RAY DIFFRACTION100
3.1299-3.18680.24571580.22512696X-RAY DIFFRACTION100
3.1868-3.24810.27751380.21482663X-RAY DIFFRACTION100
3.2481-3.31440.25871480.21562694X-RAY DIFFRACTION100
3.3144-3.38650.23611470.21342682X-RAY DIFFRACTION100
3.3865-3.46520.27281450.21742689X-RAY DIFFRACTION100
3.4652-3.55190.28511520.20132693X-RAY DIFFRACTION100
3.5519-3.64790.22431310.19422708X-RAY DIFFRACTION100
3.6479-3.75530.22051600.18422678X-RAY DIFFRACTION100
3.7553-3.87650.23921640.19162684X-RAY DIFFRACTION100
3.8765-4.0150.21681540.19272687X-RAY DIFFRACTION100
4.015-4.17580.22341500.1832690X-RAY DIFFRACTION100
4.1758-4.36580.22291280.17082720X-RAY DIFFRACTION100
4.3658-4.5960.19791600.16992650X-RAY DIFFRACTION99
4.596-4.88390.2121400.17232722X-RAY DIFFRACTION100
4.8839-5.2610.19641600.18612684X-RAY DIFFRACTION100
5.261-5.79030.21411080.19492736X-RAY DIFFRACTION100
5.7903-6.6280.22171260.19332734X-RAY DIFFRACTION100
6.628-8.34960.18681090.18072778X-RAY DIFFRACTION100
8.3496-88.97910.15511280.1822733X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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