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万見
- PDB-6pcy: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES
要素PLASTOCYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT PROTEIN(CUPROPROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Plastocyanin A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Populus nigra (クロヤマナラシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Guss, J.M. / Freeman, H.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystal structure analyses of reduced (CuI) poplar plastocyanin at six pH values.
著者: Guss, J.M. / Harrowell, P.R. / Murata, M. / Norris, V.A. / Freeman, H.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Crystal Structure of Mercury-Substituted Poplar Plastocyanin at 1.9-Angstroms Resolution
著者: Church, W.B. / Guss, J.M. / Potter, J.J. / Freeman, H.C.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: The Crystal Structure of Poplar Apoplastocyanin at 1.8-Angstroms Resolution. The Geometry of the Copper-Binding Site is Created by the Polypeptide
著者: Garrett, T.P.J. / Clingeleffer, D.J. / Guss, J.M. / Rogers, S.J. / Freeman, H.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Oxidized Poplar Plastocyanin at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Guss, J.M. / Freeman, H.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: X-Ray Crystal Structure Analysis of Plastocyanin at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramshaw, J.A.M. / Venkatappa, M.P.
履歴
登録1986年9月2日処理サイト: BNL
改定 1.01987年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5572
ポリマ－10,4941
非ポリマー641
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.580, 46.580, 58.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES 16 AND 36 ARE CIS-PROLINES. / 2: SEE REMARK 5.

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要素

#1: タンパク質 PLASTOCYANIN


分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus nigra (クロヤマナラシ)
参照: UniProt: P00299
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SIDE CHAIN OF ASN 99 IS PROBABLY DISORDERED. THE ORIENTATION IN THE DEPOSITED COORDINATES IS ...THE SIDE CHAIN OF ASN 99 IS PROBABLY DISORDERED. THE ORIENTATION IN THE DEPOSITED COORDINATES IS SUCH THAT A STRONG INTER-MOLECULAR HYDROGEN BOND IS FORMED BETWEEN ND2 ASN 99 AND O GLU 60. IN THIS ORIENTATION THERE IS A CLOSE (.LT. 3.2 ANGSTROMS) INTRA-MOLECULAR CONTACT FROM OD1 ASN 99 TO O ILE 21. THIS CONTACT WOULD BECOME A HYDROGEN BOND IN AN ALTERNATE CONFORMATION WITH THE AMIDE OF ASN 99 ROTATED BY 180 DEGREES AROUND THE CB-CG BOND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Chapman, G.V. (1977). J. Mol. Biol., 110, 187.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium phosphate1reservoir
32.6 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. obs: 5810 / Num. measured all: 7225 / Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.152 / 最高解像度: 1.9 Å
詳細: IN THIS STRUCTURE ONE OR MORE SIDE CHAIN ATOMS IN A NUMBER OF RESIDUES HAVE HIGH TEMPERATURE FACTORS AND ARE LOCATED IN EITHER WEAK OR INSIGNIFICANT ELECTRON DENSITY IN REMOVED MAPS (SEE ...詳細: IN THIS STRUCTURE ONE OR MORE SIDE CHAIN ATOMS IN A NUMBER OF RESIDUES HAVE HIGH TEMPERATURE FACTORS AND ARE LOCATED IN EITHER WEAK OR INSIGNIFICANT ELECTRON DENSITY IN REMOVED MAPS (SEE *JRNL* REFERENCE ABOVE). THE DEPOSITED COORDINATES MAY THEREFORE REPRESENT ONE OF A NUMBER OF DISORDERED POSITIONS OR BE INCORRECTLY LOCATED. THE RESIDUES INVOLVED ARE LYS 26, LYS 30, GLU 43, SER 45, LYS 54, GLU 59, GLU 60, ASP 61, ASN 64, LYS 66, GLU 71, LYS 95, AND ASN 99. INTRA- AND INTERMOLECULAR CONTACTS AND COMPARISONS INVOLVING THOSE ATOMS SHOULD BE TREATED WITH CAUTION. THE SHORT CONTACT BETWEEN CE1 HIS 87 AND O PRO 36 (3.4 ANGSTROMS AT PH 7.8, 3.3 ANGSTROMS AT PH 7.0) IS REPLACED BY A WEAK HYDROGEN BOND (3.1 ANGSTROMS) BETWEEN NE2 HIS 87 AND O PRO 36 AFTER ROTATION OF THE HIS 87 SIDE CHAIN AT PH 3.8 (SEE *JRNL* REFERENCE ABOVE).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 0 1 48 787
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 5721
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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