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- PDB-6pcf: Human Coa6: W59C mutant protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcf
タイトルHuman Coa6: W59C mutant protein
要素Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Coa6 copper Cytochrome c oxidase mitochondria structure
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / respiratory chain complex IV assembly / Mitochondrial protein import / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial intermembrane space / copper ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maher, M.J. / Maghool, S.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140102746 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1165217 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1140851 オーストラリア
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of the mitochondrial complex IV assembly factor Coa6.
著者: Maghool, S. / Cooray, N.D.G. / Stroud, D.A. / Aragao, D. / Ryan, M.T. / Maher, M.J.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
C: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
A: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
D: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5724
ポリマ－31,5724
非ポリマー00
水45025
1
A: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
D: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog

B: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog
C: Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5724
ポリマ－31,5724
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.386, 47.823, 48.114
Angle α, β, γ (deg.)116.86, 98.68, 104.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c oxidase assembly factor 6 homolog


分子量: 7892.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COA6, C1orf31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JTJ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.7, 0.23 M MgCl2.6H2O, 29% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15400 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 1521

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PCE

6pce


解像度: 2.2→38.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 15.351 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 713 4.6 %RANDOM
Rwork0.20073 ---
obs0.20273 14685 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-1.39 Å2-0.6 Å2
2--0.25 Å20.13 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 0 0 25 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.6562802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.171.6044300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3255239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22421.94134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65215398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1541518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.6345.764968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.6275.763967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.0358.6421203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.0358.6441204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.1246.4381127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.1196.441128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.3889.3421600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.25265.1572410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.2565.1472410
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.178→2.235 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 45 -
Rwork0.273 831 -
obs--77.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6470.02950.62391.67640.32280.71450.0926-0.11940.01950.004-0.01080.09870.1681-0.0945-0.08180.121-0.0189-0.05860.0298-0.03230.151-12.166222.972712.0143
21.05430.73680.88851.9694-0.25531.28180.05430.1472-0.10240.08670.0579-0.07490.02780.1648-0.11230.03530.0302-0.0120.0912-0.08550.09621.069632.71816.7437
32.3791-0.9230.88380.7395-0.06860.53640.15720.2158-0.0376-0.0817-0.1093-0.00660.01230.0667-0.04790.11180.01550.03920.0628-0.03960.054-3.39917.5572-2.3773
41.5571-0.74510.55930.7568-0.34991.19960.33550.06010.27190.0294-0.18870.0116-0.05730.2583-0.14680.1837-0.09140.15670.1073-0.08990.14412.349314.4967-2.3862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B49 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2C56 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3A56 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4D50 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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