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- PDB-6pbd: DNA N6-Adenine Methyltransferase CcrM In Complex with Double-Stra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pbd
タイトルDNA N6-Adenine Methyltransferase CcrM In Complex with Double-Stranded DNA Oligonucleotide Containing Its Recognition Sequence GAATC
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*C)-3')
  • Modification methylase CcrMI
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA methylation / GANTC recognition / base flipping / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction enzyme adenine methylase associated / Restriction Enzyme Adenine Methylase Associated / Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / DNA methyltransferase CcrM
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.343 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Woodcock, C.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The cell cycle-regulated DNA adenine methyltransferase CcrM opens a bubble at its DNA recognition site.
著者: Horton, J.R. / Woodcock, C.B. / Opot, S.B. / Reich, N.O. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modification methylase CcrMI
B: Modification methylase CcrMI
X: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9447
ポリマ－93,1194
非ポリマー8253
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.683, 117.939, 119.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Modification methylase CcrMI / M.CcrMI / Adenine-specific methyltransferase CcrMI


分子量: 40735.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: ccrMIM, ccrM, CC_0378 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Plus
参照: UniProt: P0CAW2, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5797.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*C)-3')


分子量: 5850.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 163分子

#4: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.8, 10% w/v PEG8000, 3% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.343→41.68 Å / Num. obs: 40730 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.343→2.43 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3929 / CC1/2: 0.753 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G60

1g60


解像度: 2.343→41.675 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1934 4.95 %
Rwork0.173 --
obs0.1748 39041 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.343→41.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5191 770 58 160 6179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5328680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4013525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3428-2.40140.35321100.29312052X-RAY DIFFRACTION75
2.4014-2.46630.29311280.26482383X-RAY DIFFRACTION88
2.4663-2.53890.27231300.2352478X-RAY DIFFRACTION90
2.5389-2.62080.28131330.23172592X-RAY DIFFRACTION94
2.6208-2.71450.27531370.22262591X-RAY DIFFRACTION95
2.7145-2.82310.27181330.22812656X-RAY DIFFRACTION96
2.8231-2.95160.25711420.2152699X-RAY DIFFRACTION98
2.9516-3.10720.24331420.20162730X-RAY DIFFRACTION99
3.1072-3.30180.22931420.17832752X-RAY DIFFRACTION100
3.3018-3.55660.20961440.16792785X-RAY DIFFRACTION100
3.5566-3.91420.191410.15192787X-RAY DIFFRACTION100
3.9142-4.48010.16811460.12852799X-RAY DIFFRACTION100
4.4801-5.64220.15561490.14262855X-RAY DIFFRACTION100
5.6422-41.68130.1851570.16192948X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25620.1715-1.3312.4522-0.18223.9418-0.07310.5581-0.0925-0.4860.06060.0987-0.0243-0.16790.03820.3845-0.0374-0.03650.26120.01430.183222.044613.57345.0535
23.93731.5212-1.23771.6059-1.07392.3715-0.2414-0.0801-0.3108-0.06970.0155-0.13030.05560.20390.23960.2817-0.0222-0.01850.19770.02810.183525.576513.706916.8998
31.40290.5285-1.65161.8883-1.27095.19060.0428-0.07210.13150.1286-0.1686-0.1768-0.7190.53760.13610.3704-0.0743-0.03960.28040.01160.257627.323724.922514.2348
48.62770.4420.42254.0771.56328.08060.3726-1.24760.63341.3147-0.2551-0.1377-0.71860.0228-0.11390.8493-0.0489-0.00590.415-0.01550.331321.426817.141453.7445
55.41380.66864.10574.21744.01417.52890.0636-0.5444-1.32770.5787-0.03830.2990.6888-0.3146-0.04530.73710.04090.11580.42380.13670.758422.9352-17.367831.3117
66.191-0.22792.90177.74850.19057.4502-0.0470.1007-0.76220.041-0.171-0.83440.40920.58750.08220.57870.05740.09020.16540.03010.49923.1548-9.099825.1057
72.1157-0.1734-0.27712.701-0.71263.1712-0.1929-0.2334-0.42050.1539-0.0213-0.19750.47190.42280.19720.37680.04130.04370.28680.07390.296224.5668-0.373829.9754
88.2188-3.55273.1982.5186-1.98221.6075-0.2137-1.4791-1.11380.20990.50820.8017-0.0617-0.4597-0.25570.5898-0.00580.15870.69710.15160.6227-8.142312.386744.1774
97.8616-1.03040.41762.0944-1.37789.63780.197-0.24440.88320.1011-0.09750.3417-0.8046-0.36570.04230.46210.07080.10040.48440.03520.6758-13.814622.924838.7892
109.5691-8.14680.10729.7922-2.00712.0064-0.2585-0.5032-0.967-0.4039-0.6347-1.47311.38680.68860.87491.30270.24160.00430.55460.02031.228512.541446.363235.0374
117.6967-5.3143-3.63562.02027.25259.75740.52220.32621.42420.5416-0.65830.4026-1.1792-1.3380.03130.97140.11170.16390.377-0.0130.70757.189631.872624.5325
127.5105-3.9204-0.00784.1782.85023.7907-0.16720.04420.0151-0.1769-0.05670.49820.1577-0.22940.19450.2255-0.0475-0.00950.2229-0.01230.22158.552313.399119.8667
132.00558.201-5.61369.8102-6.02152.01370.8543-2.5435-2.45530.9506-1.0990.49491.837-0.83490.27281.0219-0.54510.15610.9090.18041.0639-6.91832.009732.0635
142.0058.00428.12939.20052.77969.8807-0.57710.13810.1245-1.6028-0.7984-0.90930.4517-0.98441.41030.8895-0.15220.14770.5019-0.02740.9714-10.29252.021323.955
152.01578.06524.84952.02054.78233.8675-0.0194-0.6734-0.4642-0.3454-0.02050.006-0.5449-0.1750.06580.42-0.02550.10820.45390.1080.6065-2.254715.541833.063
161.4963-1.98661.20566.8502-0.98711.09770.31650.1441.65090.0445-0.7319-0.0783-1.087-0.40750.41961.10750.17030.09290.3648-0.03010.97110.956337.411727.7633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 151 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 288 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 357 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 19 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 20 through 62 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 63 through 260 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 261 through 288 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 289 through 356 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'X' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'X' and (resid 6 through 10 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'X' and (resid 11 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'X' and (resid 16 through 19 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Y' and (resid 1 through 5 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'Y' and (resid 6 through 10 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'Y' and (resid 11 through 19 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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