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Yorodumi- PDB-6pbd: DNA N6-Adenine Methyltransferase CcrM In Complex with Double-Stra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pbd | ||||||
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Title | DNA N6-Adenine Methyltransferase CcrM In Complex with Double-Stranded DNA Oligonucleotide Containing Its Recognition Sequence GAATC | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA methylation / GANTC recognition / base flipping / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA replication / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caulobacter vibrioides (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.343 Å | ||||||
Authors | Horton, J.R. / Cheng, X. / Woodcock, C.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: The cell cycle-regulated DNA adenine methyltransferase CcrM opens a bubble at its DNA recognition site. Authors: Horton, J.R. / Woodcock, C.B. / Opot, S.B. / Reich, N.O. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pbd.cif.gz | 327.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pbd.ent.gz | 259.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pbd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/6pbd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1g60S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 40735.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caulobacter vibrioides (bacteria) / Gene: ccrMIM, ccrM, CC_0378 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): Plus References: UniProt: P0CAW2, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#2: DNA chain | Mass: 5797.787 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 5850.794 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 163 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.8 Details: 0.1 M HEPES, pH 7.8, 10% w/v PEG8000, 3% w/v PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.343→41.68 Å / Num. obs: 40730 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 19.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.343→2.43 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3929 / CC1/2: 0.753 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1G60 Resolution: 2.343→41.675 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.343→41.675 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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