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- PDB-6pb0: Cryo-EM structure of Urocortin 1-bound Corticotropin-releasing fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pb0
タイトルCryo-EM structure of Urocortin 1-bound Corticotropin-releasing factor 1 receptor in complex with Gs protein and Nb35
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Corticotropin-releasing factor receptor 1
  • Nanobody 35
  • Urocortin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Corticotropin-releasing factor 1 receptor / urocortins1 / Gs protein / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


corticotropin-releasing hormone binding / histone deacetylase inhibitor activity / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / corticotropin secretion / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response ...corticotropin-releasing hormone binding / histone deacetylase inhibitor activity / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / corticotropin secretion / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / general adaptation syndrome, behavioral process / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / varicosity / negative regulation of hormone secretion / negative regulation of appetite / response to auditory stimulus / drinking behavior / positive regulation of vascular permeability / neuropeptide hormone activity / fear response / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / behavioral response to ethanol / negative regulation of cell size / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / adrenal gland development / response to pain / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / startle response / exploration behavior / positive regulation of collagen biosynthetic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of skeletal muscle contraction / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PKA activation in glucagon signalling / associative learning / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / social behavior / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to acidic pH / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / negative regulation of blood pressure / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / positive regulation of cardiac muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / G protein-coupled serotonin receptor binding / intracellular glucose homeostasis / cellular response to forskolin / axon terminus / response to glucocorticoid / aerobic respiration / positive regulation of DNA replication / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / trans-Golgi network membrane / positive regulation of translation / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / female pregnancy / response to prostaglandin E / sensory perception of sound / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / bone development / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of interleukin-6 production / postsynaptic density membrane / platelet aggregation / response to peptide hormone / G protein-coupled receptor activity / vasodilation / cognition / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / neuron projection development / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / PALMITIC ACID / Corticotropin-releasing factor receptor 1 / Urocortin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ma, S. / Shen, Q. / Zhao, L.-H. / Mao, C. / Zhou, X.E. / Shen, D.-D. / de Waal, P.W. / Bi, P. / Li, C. / Jiang, Y. ...Ma, S. / Shen, Q. / Zhao, L.-H. / Mao, C. / Zhou, X.E. / Shen, D.-D. / de Waal, P.W. / Bi, P. / Li, C. / Jiang, Y. / Wang, M.-W. / Sexton, P.M. / Wootten, D. / Melcher, K. / Zhang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127710 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770796 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Hormone Recognition and Activation of Corticotropin-Releasing Factor Receptors.
著者: Shanshan Ma / Qingya Shen / Li-Hua Zhao / Chunyou Mao / X Edward Zhou / Dan-Dan Shen / Parker W de Waal / Peng Bi / Chuntao Li / Yi Jiang / Ming-Wei Wang / Patrick M Sexton / Denise Wootten / ...著者: Shanshan Ma / Qingya Shen / Li-Hua Zhao / Chunyou Mao / X Edward Zhou / Dan-Dan Shen / Parker W de Waal / Peng Bi / Chuntao Li / Yi Jiang / Ming-Wei Wang / Patrick M Sexton / Denise Wootten / Karsten Melcher / Yan Zhang / H Eric Xu /
要旨: Corticotropin-releasing factor (CRF) and the three related peptides urocortins 1-3 (UCN1-UCN3) are endocrine hormones that control the stress responses by activating CRF1R and CRF2R, two members of ...Corticotropin-releasing factor (CRF) and the three related peptides urocortins 1-3 (UCN1-UCN3) are endocrine hormones that control the stress responses by activating CRF1R and CRF2R, two members of class B G-protein-coupled receptors (GPCRs). Here, we present two cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of UCN1-bound CRF1R and CRF2R with the stimulatory G protein. In both structures, UCN1 adopts a single straight helix with its N terminus dipped into the receptor transmembrane bundle. Although the peptide-binding residues in CRF1R and CRF2R are different from other members of class B GPCRs, the residues involved in receptor activation and G protein coupling are conserved. In addition, both structures reveal bound cholesterol molecules to the receptor transmembrane helices. Our structures define the basis of ligand-binding specificity in the CRF receptor-hormone system, establish a common mechanism of class B GPCR activation and G protein coupling, and provide a paradigm for studying membrane protein-lipid interactions for class B GPCRs.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Corticotropin-releasing factor receptor 1
U: Urocortin
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,95918
ポリマ－153,2306
非ポリマー3,72812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / ...Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 43897.789 Da / 分子数: 1 / Mutation: A212G, S352A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP, GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63092, UniProt: P63096
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 抗体 , 3種, 3分子 RUN

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R1


分子量: 43509.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR1, CRFR, CRFR1, CRHR
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P34998
#2: タンパク質・ペプチド Urocortin


分子量: 4703.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCN / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P55089
#6: 抗体 Nanobody 35


分子量: 15343.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 12分子

#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Urocortin1-bound CRF1R in complex Gs and Nb35 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97386 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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