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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pac | ||||||
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タイトル | E. coli L-asparaginase II in complex with L-Asp at pH 5.6 | ||||||
要素 | L-asparaginase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / inactive mutant / hydrolysis of L-asparagine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lubkowski, J. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019 タイトル: Geometric considerations support the double-displacement catalytic mechanism of l-asparaginase. 著者: Lubkowski, J. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pac.cif.gz | 286.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pac.ent.gz | 236.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pac_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pac_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pac_validation.xml.gz | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pac_validation.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pac | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35701.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Expressed variant contains 8 additional N-terminal residues MDHHHHHH (affinity tag) 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ansB, b2957, JW2924 / プラスミド: pET22b(+) 詳細 (発現宿主): contains secretion sequence pelB leader Cell (発現宿主): bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): JC2 strain lacking in ansA / 参照: UniProt: P00805, asparaginase #2: 化合物 | ChemComp-ASP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Crystals were grown in 0.17 M NH4-citrate, pH 5.6, 17-18% PEG3350, then soaked for 1 min in solution with 5 mM L-Asp |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日 / 詳細: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Multilayer X-ray mirrors VariMax HF プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 135099 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.024 / Χ2: 0.712 / Net I/σ(I): 21 / Num. measured all: 337531 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.1582 / WRfactor Rwork: 0.1205 / FOM work R set: 0.8932 / SU B: 1.588 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0807 / SU Rfree: 0.0856 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.77 Å2 / Biso mean: 20.616 Å2 / Biso min: 5.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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