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- PDB-6p9t: E.coli LpxA in complex with UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-GlcNAc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9t
タイトルE.coli LpxA in complex with UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-GlcNAc and Compound 8
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain / UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 ...Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain / UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O5D / リン酸塩 / Chem-U20 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ma, X. / Shia, S. / Ornelas, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Two Distinct Mechanisms of Inhibition of LpxA Acyltransferase Essential for Lipopolysaccharide Biosynthesis.
著者: Han, W. / Ma, X. / Balibar, C.J. / Baxter Rath, C.M. / Benton, B. / Bermingham, A. / Casey, F. / Chie-Leon, B. / Cho, M.K. / Frank, A.O. / Frommlet, A. / Ho, C.M. / Lee, P.S. / Li, M. / ...著者: Han, W. / Ma, X. / Balibar, C.J. / Baxter Rath, C.M. / Benton, B. / Bermingham, A. / Casey, F. / Chie-Leon, B. / Cho, M.K. / Frank, A.O. / Frommlet, A. / Ho, C.M. / Lee, P.S. / Li, M. / Lingel, A. / Ma, S. / Merritt, H. / Ornelas, E. / De Pascale, G. / Prathapam, R. / Prosen, K.R. / Rasper, D. / Ruzin, A. / Sawyer, W.S. / Shaul, J. / Shen, X. / Shia, S. / Steffek, M. / Subramanian, S. / Vo, J. / Wang, F. / Wartchow, C. / Uehara, T.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6468
ポリマ－28,9461
非ポリマー1,7007
水4,161231
1
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,93824
ポリマ－86,8383
非ポリマー5,10021
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area15520 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.793, 95.793, 95.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-576-

HOH

31A-631-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28945.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lpxA, EC958_0327 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W9AB79, UniProt: P0A722*PLUS, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物 ChemComp-U20 / uridine-5'-diphosphate-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-N-acetyl-D-glucosamine / (2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(R)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydrox ytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H- pyran-4-yl (3R)-3-hydroxytetradecanoate / UDP-3-O-[(R)-3-ヒドロキシミリストイル]-N-アセチルグルコサミン


分子量: 833.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H53N3O19P2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-O5D / [3-(5-amino-4-methylpyridin-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]{(3R)-3-[(2-chloro-6-methoxyphenyl)methyl]morpholin-4-yl}methanone


分子量: 441.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24ClN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Na/K phosphate, 10% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→67.74 Å / Num. obs: 29835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 239203
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.786.11.7511058917290.4550.7711.9160.8100
8.92-67.7412.50.0432922630.9990.0110.04247.499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.7.2データスケーリング
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LXA

1lxa


解像度: 1.75→47.896 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 1418 4.76 %
Rwork0.1656 --
obs0.1665 29801 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.57 Å2 / Biso mean: 26.8171 Å2 / Biso min: 13.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 126 231 2341
Biso mean--32.63 40.17 -
残基数----263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7501-1.81270.29261440.270528112955
1.8127-1.88520.2381030.244428492952
1.8852-1.9710.2641630.188627672930
1.971-2.07490.19711660.161427922958
2.0749-2.2050.16781390.155828202959
2.205-2.37520.18021400.148328272967
2.3752-2.61420.17241330.152328402973
2.6142-2.99240.18381620.158628383000
2.9924-3.76990.17781210.157428752996
3.7699-47.91440.16321470.161729643111
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.921 Å / Origin y: -3.381 Å / Origin z: -4.202 Å
111213212223313233
T0.1702 Å2-0.0155 Å20.014 Å2-0.1846 Å2-0.0019 Å2--0.1607 Å2
L0.411 °20.0332 °20.0608 °2-0.2699 °20.0801 °2--0.4496 °2
S-0.0036 Å °-0.0215 Å °0.0005 Å °0.0001 Å °0.0006 Å °0.029 Å °0.0183 Å °-0.1071 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:263 OR RESID 301:307 OR RESID 401:631 ) )A1 - 263
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:263 OR RESID 301:307 OR RESID 401:631 ) )A301 - 307
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:263 OR RESID 301:307 OR RESID 401:631 ) )A401 - 631

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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