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- PDB-6p9m: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9m
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex with O6J
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
キーワードTRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-O6J / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.256 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109713 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: A Preclinical Candidate Targeting Mycobacterium tuberculosis KasA.
著者: Inoyama, D. / Awasthi, D. / Capodagli, G.C. / Tsotetsi, K. / Sukheja, P. / Zimmerman, M. / Li, S.G. / Jadhav, R. / Russo, R. / Wang, X. / Grady, C. / Richmann, T. / Shrestha, R. / Li, L. / ...著者: Inoyama, D. / Awasthi, D. / Capodagli, G.C. / Tsotetsi, K. / Sukheja, P. / Zimmerman, M. / Li, S.G. / Jadhav, R. / Russo, R. / Wang, X. / Grady, C. / Richmann, T. / Shrestha, R. / Li, L. / Ahn, Y.M. / Ho Liang, H.P. / Mina, M. / Park, S. / Perlin, D.S. / Connell, N. / Dartois, V. / Alland, D. / Neiditch, M.B. / Kumar, P. / Freundlich, J.S.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8358
ポリマ－43,1421
非ポリマー6937
水1,820101
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,66916
ポリマ－86,2832
非ポリマー1,38614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area8290 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.713, 77.713, 146.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1


分子量: 43141.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

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非ポリマー , 5種, 108分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-O6J / N-(2-cyano-3-methyl-1H-indol-5-yl)pentane-1-sulfonamide


分子量: 305.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 200mM NaCl, 6% Isopropanol, 1mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine HCl (TCEP HCl)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 24575 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 50.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.564 / Net I/av σ(I): 20.4 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.2910.30.69812030.9380.2250.7340.50499.2
2.29-2.3310.30.36212150.9640.1170.3810.4599.2
2.33-2.3810.30.311680.9750.0970.3150.45199.2
2.38-2.4210.20.25512250.980.0830.2690.45299.2
2.42-2.4810.20.21712040.9850.0710.2280.47698.6
2.48-2.5310.20.18412020.9880.060.1940.48299.4
2.53-2.6100.15812220.9930.0520.1670.5199.5
2.6-2.67100.13912190.9930.0460.1470.51199
2.67-2.759.40.11912130.9930.040.1260.55199.5
2.75-2.838.80.09611680.9940.0330.1020.58996.5
2.83-2.9410.30.08612190.9960.0280.090.60499.5
2.94-3.0510.50.07412470.9970.0240.0780.62399.5
3.05-3.1910.40.06712260.9980.0220.070.64699.5
3.19-3.3610.20.05612460.9980.0180.0590.67899.7
3.36-3.57100.05212120.9980.0170.0540.66599.8
3.57-3.859.70.04912600.9980.0160.0510.76899.8
3.85-4.238.70.0412080.9990.0140.0420.67297.6
4.23-4.8510.30.03712790.9990.0120.0390.59599.8
4.85-6.19.80.03512780.9990.0110.0360.49399.8
6.1-508.90.03113610.9990.0110.0320.56599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W2O

5w2o


解像度: 2.256→33.651 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1991 8.12 %
Rwork0.1968 --
obs0.1996 24533 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.11 Å2 / Biso mean: 67.6422 Å2 / Biso min: 31.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.256→33.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 46 101 3171
Biso mean--74.21 57.38 -
残基数----414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2556-2.3120.41791350.39571514164995
2.312-2.37440.28911400.2571574171499
2.3744-2.44430.25011390.25111586172599
2.4443-2.52320.29071400.24541592173299
2.5232-2.61330.27321410.23821595173699
2.6133-2.71790.28351440.24311600174499
2.7179-2.84150.28191350.24411562169798
2.8415-2.99130.28791480.235816111759100
2.9913-3.17850.26261400.231716061746100
3.1785-3.42370.25051380.212116251763100
3.4237-3.76790.2391470.201316491796100
3.7679-4.31210.20011430.16961616175998
4.3121-5.42910.19671460.158416621808100
5.4291-33.65440.18921550.15951750190599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30260.0361-0.1231.4515-0.72270.75960.23590.0867-0.0613-0.0283-0.36980.13410.43440.3378-0.04720.5108-0.052-0.03920.40150.06060.446441.052-16.5949-14.3549
20.38560.12190.31871.1472-0.27820.40220.3231-0.43390.2378-0.7622-1.08820.05670.6870.5016-0.3360.74030.2224-0.12840.27940.09450.406642.9318-11.1761-29.98
30.468-0.0023-0.09913.4556-1.62320.94920.68250.1122-0.05310.7825-0.46740.51-0.25780.3394-0.00010.634-0.23790.11070.1536-0.06560.443331.8111-6.3554-12.0068
40.3809-0.14180.35560.4272-0.29930.22720.87880.3383-0.12120.9343-0.73430.7498-0.30650.559-0.05990.945-0.6410.2942-0.1168-0.00040.53228.8249-11.4514-2.7468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 81 )A3 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 146 )A82 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 328 )A147 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 416 )A329 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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