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万見
- PDB-6p91: Structure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p91
タイトルStructure of Lassa virus glycoprotein bound to Fab 18.5C
要素
  • (Fab 18.5C Antibody ...) x 2
  • (Pre-glycoprotein polyprotein GP ...) x 2
キーワードviral protein/immune system / Lassa virus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa mammarenavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Saphire, E.O. / Hastie, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19-AI109762 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Convergent Structures Illuminate Features for Germline Antibody Binding and Pan-Lassa Virus Neutralization.
著者: Hastie, K.M. / Cross, R.W. / Harkins, S.S. / Zandonatti, M.A. / Koval, A.P. / Heinrich, M.L. / Rowland, M.M. / Robinson, J.E. / Geisbert, T.W. / Garry, R.F. / Branco, L.M. / Saphire, E.O.
履歴
登録2019年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
H: Fab 18.5C Antibody heavy chain
L: Fab 18.5C Antibody light chain
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex,Lassa virus glycoprotein, GP2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,82014
ポリマ－99,4984
非ポリマー5,32210
水00
1
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
H: Fab 18.5C Antibody heavy chain
L: Fab 18.5C Antibody light chain
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex,Lassa virus glycoprotein, GP2 subunit
ヘテロ分子

A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
H: Fab 18.5C Antibody heavy chain
L: Fab 18.5C Antibody light chain
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex,Lassa virus glycoprotein, GP2 subunit
ヘテロ分子

A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
H: Fab 18.5C Antibody heavy chain
L: Fab 18.5C Antibody light chain
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex,Lassa virus glycoprotein, GP2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,46042
ポリマ－298,49412
非ポリマー15,96630
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area67840 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area99460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.660, 231.660, 231.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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Pre-glycoprotein polyprotein GP ... , 2種, 2分子 Aa

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 28784.039 Da / 分子数: 1 / 変異: R207C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, GPC
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6GWS0, UniProt: P08669*PLUS
#4: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex,Lassa virus glycoprotein, GP2 subunit / Pre-GP-C


分子量: 22750.439 Da / 分子数: 1 / 変異: E329P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, GPC
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6GWS0, UniProt: P08669*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab 18.5C Antibody heavy chain


分子量: 24309.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab 18.5C Antibody light chain


分子量: 23654.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 5種, 10分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.11 % / 解説: box-like
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15-0.2 M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 5-8.5 / PH範囲: 5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→49.37 Å / Num. obs: 20596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.79-4.1519.14.5029281748610.6151.0484.6250.999.5
9.29-49.3717.30.062529814660.9980.0150.06241.599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VK2, 4FQL

5vk2

4fql


解像度: 4→38.61 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 850 4.84 %
Rwork0.2041 --
obs0.2065 17579 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 443.43 Å2 / Biso mean: 209.0791 Å2 / Biso min: 127.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 353 0 6414
Biso mean--270.25 --
残基数----780
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.0001-4.25040.36881470.29512721286899
4.2504-4.57810.24041230.198427912914100
4.5781-5.03790.22371530.17927552908100
5.0379-5.76490.24491250.173627962921100
5.7649-7.25520.26791700.230827752945100
7.2552-38.61180.24521320.199728913023100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8869-0.7695-0.19952.47410.44921.94250.4615-0.16740.1256-0.038-0.266-0.3694-0.0260.4158-0.17641.5581-0.0061-0.09761.9222-0.11711.7957-42.928-46.77658.247
24.246-1.0828-0.93041.7431-1.47726.33410.10940.1277-0.4156-0.53510.0504-0.17870.1979-0.0895-0.14691.55290.10290.19161.733-0.19631.5898-39.693-43.16719.666
32.6047-0.793-1.44261.95570.21074.38730.4510.7710.0845-0.1435-0.017-0.0376-0.50230.1096-0.22961.90380.20770.19232.3504-0.13591.7549-21.482-45.539-9.97
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 60:254 )A60 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 2:128 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:126 )H2 - 128
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 2:128 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:126 )L1 - 126
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 129:229 ) OR ( CHAIN L AND RESID 127:232 )H129 - 229
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 129:229 ) OR ( CHAIN L AND RESID 127:232 )L127 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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