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- PDB-6p8s: Structure of P. aeruginosa ATCC27853 HORMA1:HORMA2:Peptide 1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8s
タイトルStructure of P. aeruginosa ATCC27853 HORMA1:HORMA2:Peptide 1 complex
要素
  • HORMA domain containing protein
  • HORMA1
  • Peptide 1
キーワードPROTEIN BINDING / HORMA domain / closure motif / CD-NTase / cGAS
機能・相同性Bacterial HORMA domain / Bacterial HORMA domain 2 / HORMA domain superfamily / defense response to virus / ACETATE ION / Type III CBASS phage resistance system CD-NTase-associated protein Cap8 / CD-NTase-associated protein 8 / CD-NTase-associated protein 7 / HORMA domain containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HORMA domain containing protein
B: HORMA domain containing protein
C: HORMA1
D: HORMA1
E: Peptide 1
F: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,00612
ポリマ－68,5436
非ポリマー4636
水9,152508
1
A: HORMA domain containing protein
C: HORMA1
E: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6998
ポリマ－34,2713
非ポリマー4275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: HORMA domain containing protein
D: HORMA1
F: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3074
ポリマ－34,2713
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.892, 124.539, 109.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-376-

HOH

21B-408-

HOH

31D-344-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 HORMA domain containing protein


分子量: 18723.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ORF C60, CAZ10_14260, DY940_15620, DY979_07580, EGY23_20890, EQH76_12140, IPC669_24875, PA5486_02901, PAERUG_E15_London_28_01_14_04350, PAMH19_6113
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GQ50, UniProt: P0DTF6*PLUS
#2: タンパク質 HORMA1


分子量: 14411.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: DY979_07575, EGY23_20885, IPC669_24870, PA5486_02900, PAERUG_E15_London_28_01_14_04349
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6RRN7, UniProt: P0DTF5*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Peptide 1


分子量: 1137.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 514分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 0.5 M Sodium acetate, 31% PEG 3350, and 1 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.2 Å / Num. obs: 44741 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.878 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2481 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.787 / Rrim(I) all: 2.043 / % possible all: 73.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P8P, 6P8R

6p8p

6p8r


解像度: 2→39.197 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 2292 5.13 %
Rwork0.1912 --
obs0.1931 44644 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4703 0 27 508 5238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7466542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9392860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.04360.3958990.33721951X-RAY DIFFRACTION71
2.0436-2.09110.29561210.30712166X-RAY DIFFRACTION79
2.0911-2.14340.31841180.2712411X-RAY DIFFRACTION88
2.1434-2.20130.28881470.25452611X-RAY DIFFRACTION96
2.2013-2.26610.29281250.23082752X-RAY DIFFRACTION100
2.2661-2.33920.24941620.21562745X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.42280.28831490.21062753X-RAY DIFFRACTION100
2.4228-2.51980.24481570.21482720X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.63450.28411400.20352716X-RAY DIFFRACTION99
2.6345-2.77330.24271490.20652779X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.9470.20861500.19562746X-RAY DIFFRACTION100
2.947-3.17450.21881540.19092738X-RAY DIFFRACTION99
3.1745-3.49380.21091480.16892777X-RAY DIFFRACTION100
3.4938-3.99890.18971410.15372789X-RAY DIFFRACTION99
3.9989-5.03650.18291630.1352805X-RAY DIFFRACTION100
5.0365-39.20490.19841690.18482893X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70550.44840.35232.9709-0.79591.3755-0.0014-0.0429-0.08570.03360.03390.0030.1290.0173-0.01970.20580.03730.02580.1572-0.02040.171218.294925.589416.1722
22.13561.5254-0.50752.899-0.522.1048-0.12620.1367-0.0089-0.29590.02590.02770.1997-0.13270.07830.24390.00940.00020.1533-0.00420.131122.6782-9.036612.4601
33.7323-0.2440.45493.7336-1.04452.1610.03970.2758-0.004-0.1271-0.020.1395-0.0874-0.0286-0.01060.20430.03140.01920.1672-0.01790.14435.635240.5683-0.4886
41.51220.77211.04411.54760.3973.6117-0.0276-0.05070.1225-0.0594-0.0380.0348-0.2960.06090.08190.19210.02490.01650.1448-0.01810.131929.307-1.439236.2135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A or chain E
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B or chain F
3X-RAY DIFFRACTION3Chain C
4X-RAY DIFFRACTION4Chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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