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- PDB-6p7l: 1.8 Angstrom structure of Aln2 from Streptomyces sp. CM020 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p7l

タイトル

1.8 Angstrom structure of Aln2 from Streptomyces sp. CM020

要素

Aln2

キーワード

ANTIBIOTIC / alnumycin

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Aln2

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. CM020 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of three noncanonical NTF2-like superfamily proteins: implications for polyketide biosynthesis.
著者: Vuksanovic, N. / Zhu, X. / Serrano, D.A. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Melancon 3rd, C.E. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2019年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p7l.cif.gz	572.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p7l.ent.gz	395.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6p7l_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p7l_full_validation.pdf.gz	476 KB	表示
XML形式データ	6p7l_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6p7l_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bkaSC 6p77SC 6vw4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qmn-4 3qmn-5 1rlh-2 3ne1-d 4f4f-1 5ys5-d 3qmn-3 3qmn-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Aln2

B: Aln2

C: Aln2

D: Aln2

E: Aln2

F: Aln2

ヘテロ分子

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Aln2

D: Aln2

E: Aln2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Aln2

C: Aln2

F: Aln2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.201, 84.932, 104.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.108, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	(chain 'A' and ((resid 30 and (name N or name...	A	A	30 - 70	30 - 70
1	2	THR	THR	(chain 'A' and ((resid 30 and (name N or name...	A	A	75 - 167	75 - 167
2	1	LYS	LYS	(chain 'B' and ((resid 30 and (name N or name...	B	B	30 - 70	30 - 70
2	2	THR	THR	(chain 'B' and ((resid 30 and (name N or name...	B	B	75 - 167	75 - 167
3	1	LYS	LYS	(chain 'C' and ((resid 30 and (name N or name...	C	C	30 - 70	30 - 70
3	2	THR	THR	(chain 'C' and ((resid 30 and (name N or name...	C	C	75 - 167	75 - 167
4	1	LYS	LYS	(chain 'D' and ((resid 30 and (name N or name...	D	D	30 - 70	30 - 70
4	2	THR	THR	(chain 'D' and ((resid 30 and (name N or name...	D	D	75 - 167	75 - 167
5	1	LYS	LYS	(chain 'E' and ((resid 30 and (name N or name...	E	E	30 - 70	30 - 70
5	2	THR	THR	(chain 'E' and ((resid 30 and (name N or name...	E	E	75 - 167	75 - 167
6	1	LYS	LYS	(chain 'F' and (resid 30 through 67 or (resid 68...	F	F	30 - 70	30 - 70
6	2	THR	THR	(chain 'F' and (resid 30 through 67 or (resid 68...	F	F	75 - 167	75 - 167

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要素

#1: タンパク質	Aln2 分子量: 18511.504 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CM020 (バクテリア) 遺伝子: aln2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6SEE8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22% PEG 3350 0.1 M Bis Tris ph 5.5 3% ethylene glycol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→42.72 Å / Num. obs: 78418 / % possible obs: 97.92 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.84 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.14
反射シェル	解像度: 1.801→1.865 Å / Num. unique obs: 7692 / CC_1/2: 0.902

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BKA,6P77

5bka

6p77

解像度: 1.8→42.72 Å / SU ML: 0.1691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	3947	5.04 %
R_work	0.163	74365	-
obs	0.1652	78312	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6287	0	6	557	6850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	6407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1184	8687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0652	987
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.4078	3784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3048	101	0.2166	2496	X-RAY DIFFRACTION	92.32
1.82-1.85	0.2549	145	0.2057	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.85-1.87	0.2471	133	0.1982	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.87-1.9	0.2295	147	0.185	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.98
1.9-1.92	0.2328	145	0.1794	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.92-1.95	0.2323	169	0.1752	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.11
1.95-1.98	0.2133	141	0.1696	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.98-2.01	0.1958	132	0.1642	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.01-2.05	0.1931	160	0.1595	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.05-2.09	0.2005	133	0.1557	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.09-2.13	0.2172	160	0.1588	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.13-2.17	0.1916	140	0.1614	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.17-2.22	0.2016	127	0.1582	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.22-2.27	0.2013	132	0.1532	2700	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.27-2.33	0.1894	141	0.152	2637	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.33-2.39	0.2027	144	0.1497	2670	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.39-2.46	0.1769	146	0.1475	2571	X-RAY DIFFRACTION	95.97
2.46-2.54	0.1829	125	0.1508	2459	X-RAY DIFFRACTION	89.88
2.54-2.63	0.1928	128	0.1586	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.63-2.73	0.1908	141	0.1643	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.73-2.86	0.2149	156	0.1546	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.86-3.01	0.2149	140	0.1644	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.01-3.2	0.2068	172	0.1641	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.2-3.44	0.2101	162	0.1556	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.08
3.44-3.79	0.1707	143	0.1466	2671	X-RAY DIFFRACTION	97.91
3.79-4.34	0.1946	122	0.1377	2677	X-RAY DIFFRACTION	96.95
4.34-5.46	0.1878	114	0.1543	2550	X-RAY DIFFRACTION	92.05
5.46-42.72	0.2597	148	0.2299	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.99739785482	-3.75803675418	1.72557357238	7.06483824595	-4.70978055267	4.54962632387	-0.0502729901234	-0.0525452826423	0.0298618189368	0.148327167293	0.0205241924199	-0.0506211557119	-0.0841473114278	-0.0621254106889	0.0296396554105	0.0813015203642	-0.0196887801948	-0.00710910904605	0.140859314469	-0.0177529725156	0.096297034793	10.7785150291	90.7834739166	34.8916217249
2	4.86612958985	-0.899321150662	-1.06657019183	5.08829175719	0.819864387203	4.58687320435	-0.216552388699	-0.232917392619	0.0982738931883	0.57535447285	0.131963732316	-0.115688739709	0.160763885901	0.0373742274373	0.0322586347806	0.157224493971	0.00722820531509	0.0121008449664	0.159725312605	0.0172532361437	0.0732796897532	8.05628750829	82.1958812834	46.4407571729
3	8.33648291802	3.09044076835	0.415692260677	9.24979825038	5.6108326559	3.97345454357	-0.111007661673	0.292336175652	-0.510513418773	-0.380513684409	-0.0341916030007	0.357081637917	0.699023161339	-1.06258591374	0.21026257981	0.313207485251	-0.0793013443097	-0.0218341017757	0.239667824657	0.00181945730852	0.182749180068	-2.67715751854	75.7642001368	40.9862482395
4	7.96183428526	-4.90125559555	-5.92987232973	3.81294467891	4.88600700363	7.16240370851	-0.224941195503	-0.219583560201	-0.319659922589	0.393756940663	0.072647630944	-0.258770990501	0.196339362146	0.150677876048	0.122374141437	0.17484835478	-0.0175872447408	0.0083653517721	0.144809855073	0.0293207892264	0.171939575597	7.95920597901	73.3176555673	45.9944718784
5	9.00088156626	-7.9102369476	6.20545771828	8.87643639616	-6.27502607806	7.7143220809	-0.0653217133023	-0.326743333446	0.00938615849305	-0.10431623116	0.0517080793619	-0.112531229642	0.286287836815	-0.2232361395	-0.00188851098736	0.104467027042	-0.0156845938671	-0.00683875731584	0.118237950509	-0.00794145142996	0.107871579354	16.3908345525	76.0839585364	34.5124221414
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48	1.29360091318	0.0589215173851	-0.360580292205	2.33152795624	-0.123105348876	1.31629524977	0.02957128296	-0.0258051350011	-0.0191095171829	0.058204468009	-0.0266283082529	0.266891691873	0.0298007812658	-0.144866889924	-0.00113283915604	0.0927982695765	-0.00895195606567	0.00688493719709	0.107014727214	-0.00739160899417	0.128566392186	0.746404129147	44.5752226289	29.2681679704
49	4.1357989924	2.23155234273	-3.59654778935	3.18895314215	-1.20633852452	4.87288332526	-0.0733589378314	0.236082127764	0.226625509405	-0.397496189408	0.118748648707	0.338033006257	-0.784775409173	-0.54526327227	-0.238194919813	0.224406929468	0.0363926688618	-0.0365913495326	0.129488898741	-0.00236233163707	0.20836888793	0.558378865025	57.2775257698	20.5036206287
50	4.56772347293	3.12989391633	-0.0424783723678	4.61456334714	3.03611806087	4.39304505266	0.090665493656	-0.177602432065	-0.30871534602	0.435002838866	-0.482408567333	0.483655704266	0.415973562998	-0.150512821134	0.318802565464	0.113441680035	0.00967413328703	0.0292468958238	0.168875333438	-0.0157412649128	0.251458870605	-4.48785741892	34.2130353111	32.8492384373
51	2.86301869067	4.74618319761	2.65619641071	9.15450613715	6.42304907752	5.36468442114	0.0179119993398	-0.12573262099	0.27328158148	0.207685517752	-0.244066451564	0.968069274121	0.0264989385975	-0.212435012067	0.357992936072	0.0969864860117	0.00655368786746	0.0578372704384	0.213701723983	-0.0466077002126	0.294739262495	-6.04285253702	44.3984661747	34.5908869574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 105 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 151 through 169 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 30 through 52 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 53 through 67 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 68 through 78 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 79 through 94 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 95 through 104 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 105 through 110 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 111 through 150 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 151 through 169 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 30 through 52 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 53 through 62 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 63 through 79 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 80 through 94 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 95 through 104 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 105 through 115 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 116 through 127 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 128 through 132 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 133 through 138 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 139 through 150 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 151 through 169 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 30 through 52 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 53 through 79 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 80 through 104 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 105 through 115 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 116 through 150 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 151 through 169 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 30 through 67 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 68 through 79 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 80 through 104 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 105 through 115 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 116 through 127 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 128 through 138 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 139 through 150 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 151 through 169 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 30 through 62 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 63 through 79 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 80 through 104 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 105 through 115 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 116 through 127 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 128 through 138 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 139 through 150 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 151 through 167 )

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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