[日本語] English
万見
- PDB-6p72: Crystal Structure of the Cedar henipavirus Attachment G Glycoprot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p72
タイトルCrystal Structure of the Cedar henipavirus Attachment G Glycoprotein global domain
要素Attachment glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Cedar virus / attachment / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cedar virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.283 Å
データ登録者Xu, K. / Nikolov, D.B. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural and functional analyses reveal promiscuous and species specific use of ephrin receptors by Cedar virus.
著者: Laing, E.D. / Navaratnarajah, C.K. / Cheliout Da Silva, S. / Petzing, S.R. / Xu, Y. / Sterling, S.L. / Marsh, G.A. / Wang, L.F. / Amaya, M. / Nikolov, D.B. / Cattaneo, R. / Broder, C.C. / Xu, K.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Attachment glycoprotein
C: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,64716
ポリマ－97,9102
非ポリマー5,73614
水00
1
A: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7419
ポリマ－48,9551
非ポリマー2,7868
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9067
ポリマ－48,9551
非ポリマー2,9516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.675, 211.675, 113.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA197 - 5622
211chain CC197 - 5625

-
要素

#1: タンパク質 Attachment glycoprotein


分子量: 48955.164 Da / 分子数: 2 / 断片: global domain (UNP residues 194-622) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cedar virus (ウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: J7H333
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 43933 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 108.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 320698
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.3-3.426.943530.5740.5620.74799.7
3.42-3.55743450.7130.4010.76299.70.992
3.55-3.72743880.8890.2390.79299.80.5920.639
3.72-3.917.243440.9370.160.79399.80.40.431
3.91-4.167.443990.9730.10.83499.80.2550.274
4.16-4.487.643630.990.0590.95899.90.1530.164
4.48-4.937.644230.9950.0371.1581000.0960.103
4.93-5.647.643680.9960.0331.2411000.0850.091
5.64-7.17.544470.9970.0291.3731000.0740.079
7.1-507.245030.9980.0181.90499.90.0450.048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.283→45.829 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1993 4.55 %
Rwork0.2061 --
obs0.2073 43830 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 197.9 Å2 / Biso mean: 62.17 Å2 / Biso min: 18.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.283→45.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6820 0 377 0 7197
Biso mean--98.72 --
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42110074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9452762
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3827X-RAY DIFFRACTION14.721TORSIONAL
12C3827X-RAY DIFFRACTION14.721TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2826-3.36460.36731300.32062703283390
3.3646-3.45560.29771410.292129723113100
3.4556-3.55720.29961440.261629773121100
3.5572-3.6720.27761390.242930203159100
3.672-3.80320.27451460.221229883134100
3.8032-3.95540.24191360.202930153151100
3.9554-4.13530.2261460.192230243170100
4.1353-4.35310.18821460.176429973143100
4.3531-4.62560.18061440.152830203164100
4.6256-4.98240.18071400.145929913131100
4.9824-5.48310.19771400.172830383178100
5.4831-6.27470.2451490.192330213170100
6.2747-7.89890.26431420.225430473189100
7.8989-45.83340.23331500.24073024317497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0895-0.0560.03110.0554-0.02010.02230.01150.1063-0.1065-0.1091-0.08220.1710.04570.0381-0.02890.4684-0.192-0.01740.2412-0.13450.154-96.861319.2364-1.6903
20.13860.02480.06030.06130.00270.1386-0.0171-0.07010.2242-0.0290.1210.0063-0.21240.29350.1540.6384-0.1753-0.08490.0143-0.05060.2405-91.568733.110716.9906
30.0633-0.0114-0.01490.14310.12790.1050.0486-0.04350.1683-0.04860.1611-0.0457-0.1290.13590.41580.4497-0.3494-0.14750.0562-0.06050.1304-89.446139.45255.1928
4-0.00250.0106-0.00470.0347-0.01030.0089-0.03190.02670.0347-0.12710.03250.04410.0086-0.0427-0.00220.6762-0.3187-0.08480.1426-0.0560.2173-101.99326.271-1.7079
50.13660.07380.11650.04240.00860.3415-0.02290.0467-0.0845-0.01530.1160.12440.07660.17960.00770.73310.07330.06460.196-0.00010.534-93.0038-31.9638-10.2984
60.0545-0.02540.00150.0411-0.01720.03540.0475-0.0206-0.0679-0.1166-0.00820.0440.12070.04450.10.65410.25090.01150.14790.06580.1637-92.6254-31.27874.5867
70.127-0.0671-0.04880.08090.06110.08620.0797-0.07520.25230.2334-0.01090.1505-0.2055-0.01570.13011.04140.4840.17550.3357-0.13490.4209-96.1207-10.31549.5134
80.15490.10790.02420.1770.01440.14110.0878-0.01870.09220.08790.13850.1556-0.13110.01210.35130.54380.1414-0.05990.0805-0.19560.4428-96.6171-9.2685-2.2716
90.01710.00020.00550.04340.02530.0652-0.11970.05690.0209-0.01350.02770.18390.11030.0198-0.07870.65410.06750.2186-0.0445-0.00360.4517-101.0926-25.6115-9.8493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 197 through 237 )A197 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 238 through 428 )A238 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 429 through 547 )A429 - 547
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 548 through 622 )A548 - 622
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 197 through 237 )C197 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 238 through 295 )C238 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 296 through 428 )C296 - 428
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 429 through 520 )C429 - 520
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 521 through 622 )C521 - 622

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る