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万見
- PDB-6p6j: Structure of YbtPQ importer with substrate Ybt-Fe bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p6j
タイトルStructure of YbtPQ importer with substrate Ybt-Fe bound
要素
  • ABC transporter protein
  • inner membrane ABC-transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC importer / Yersiniabactin
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / yersiniabactin / Putative inner membrane ABC-transporter / Putative ABC transporter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, Z. / Hu, W. / Zheng, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Pathogenic siderophore ABC importer YbtPQ adopts a surprising fold of exporter.
著者: Zhiming Wang / Wenxin Hu / Hongjin Zheng /
要旨: To fight for essential metal ions, human pathogens secrete virulence-associated siderophores and retake the metal-chelated siderophores through a subfamily of adenosine triphosphate (ATP)-binding ...To fight for essential metal ions, human pathogens secrete virulence-associated siderophores and retake the metal-chelated siderophores through a subfamily of adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importer, whose molecular mechanisms are completely unknown. We have determined multiple structures of the yersiniabactin importer YbtPQ from uropathogenic (UPEC) at inward-open conformation in both and substrate-bound states by cryo-electron microscopy. YbtPQ does not adopt any known fold of ABC importers but surprisingly adopts the fold of type IV ABC exporters. To our knowledge, it is the first time an exporter fold of ABC importer has been reported. We have also observed two unique features in YbtPQ: unwinding of a transmembrane helix in YbtP upon substrate release and tightly associated nucleotide-binding domains without bound nucleotides. Together, our study suggests that siderophore ABC importers have a distinct transport mechanism and should be classified as a separate subfamily of ABC importers.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: inner membrane ABC-transporter
B: ABC transporter protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3454
ポリマ－132,8082
非ポリマー5372
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13870 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area49400 Å2

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要素

#1: タンパク質 inner membrane ABC-transporter / P


分子量: 66348.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC) (大腸菌)
株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: ybtP, UTI89_C2181 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RAG2
#2: タンパク質 ABC transporter protein / Q


分子量: 66458.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC) (大腸菌)
株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: UTI89_C2180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RAG3
#3: 化合物 ChemComp-O34 / yersiniabactin / (4S)-2-[(1S)-1-hydroxy-1-{(2R,4R)-2-[(4R)-2-(2-hydroxyphenyl)-4,5-dihydro-1,3-thiazol-4-yl]-1,3-thiazolidin-4-yl}-2-met hylpropan-2-yl]-4-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid / イエルシニアバクチン


分子量: 481.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N3O4S3
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: YbtPQ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC) (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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