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万見
- PDB-6p55: Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p55
タイトルCrystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae acylated by cefixime
要素peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / Penicillin-binding protein / transpeptidase domain / Neisseria gonorrhoeae / antibiotic resistance / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cefixime, bound form / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Singh, A. / Davies, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066861 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Recognition of the beta-lactam carboxylate triggers acylation ofNeisseria gonorrhoeaepenicillin-binding protein 2.
著者: Singh, A. / Tomberg, J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.
履歴
登録2019年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
B: peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,16710
ポリマ－70,6532
非ポリマー1,5148
水6,720373
1
A: peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0785
ポリマ－35,3261
非ポリマー7524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0895
ポリマ－35,3261
非ポリマー7634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.493, 78.013, 86.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 35326.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: penA / プラスミド: pMAL-C2KV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GW6011
参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-NZM / cefixime, bound form


分子量: 455.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 0.1 M CHES, 40% PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→44.49 Å / Num. obs: 60961 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 54.1
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 3014 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.158 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.74→44.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.312 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 3064 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 57876 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.29 Å20 Å2-0.12 Å2
2---1.35 Å2-0 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4952 0 96 373 5421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9847054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834311388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7815669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33923.077208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.39515844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9081540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3382.8972634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3382.8972634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0254.3393290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0254.3393291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0533.262566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0533.262566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3154.7683756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.57635.4965798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.57635.5035799
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.738→1.783 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 235 -
Rwork0.207 4141 -
obs--96.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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