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万見
- PDB-6p3q: Calpain-5 (CAPN5) Protease Core (PC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3q
タイトルCalpain-5 (CAPN5) Protease Core (PC)
要素Calpain-5
キーワードHYDROLASE / Cystein protease / peptide binding protein / Calcium binding protein / protease domain
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Degradation of the extracellular matrix / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / focal adhesion / synapse / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calpain C2 domain / Calpain subdomain III / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease ...Calpain C2 domain / Calpain subdomain III / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / C2 domain / C2 domain profile. / Cathepsin B; Chain A / C2 domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Velez, G. / Sun, Y.J. / Khan, S. / Yang, J. / Koster, H.J. / Lokesh, G. / Mahajan, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY024665 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Unique Activation Mechanisms of a Non-classical Calpain and Its Disease-Causing Variants.
著者: Velez, G. / Sun, Y.J. / Khan, S. / Yang, J. / Herrmann, J. / Chemudupati, T. / MacLaren, R.E. / Gakhar, L. / Wakatsuki, S. / Bassuk, A.G. / Mahajan, V.B.
履歴
登録2019年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain-5
B: Calpain-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7332
ポリマ－82,7332
非ポリマー00
水00
1
A: Calpain-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3671
ポリマ－41,3671
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calpain-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3671
ポリマ－41,3671
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.038, 51.576, 110.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.425, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 5 through 303 or (resid 304...AA5 - 698 - 72
12HISHISPHEPHE(chain 'A' and (resid 5 through 303 or (resid 304...AA71 - 34974 - 352
23VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 5 through 69 or resid 71...BB5 - 698 - 72
24HISHISPHEPHE(chain 'B' and (resid 5 through 69 or resid 71...BB71 - 34974 - 352

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要素

#1: タンパク質 Calpain-5 / Calpain htra-3 / New calpain 3 / nCL-3


分子量: 41366.598 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPN5, NCL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O15484, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 250 mM sodium phosphate, 12 % PEG 8000, 36 mM EDTA, 10 mM Calcium chloride, 0.4 mM H-E(EDANS)-KIEIVRKKPIFKKATV-K(DASBCYL)-OH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年7月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51.84 Å / Num. obs: 22239 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 50.65 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 2233 / CC1/2: 0.804 / Rrim(I) all: 0.623 / % possible all: 99.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAXS guided homology model

解像度: 2.8→51.84 Å / SU ML: 0.5058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2851 1060 4.77 %RANDOM
Rwork0.2268 21142 --
obs0.2295 22202 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→51.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5595 0 0 0 5595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00975746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11997783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.43443376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.42621400.33582593X-RAY DIFFRACTION99.24
2.93-3.080.37381180.3112652X-RAY DIFFRACTION99.71
3.08-3.270.3221500.27382575X-RAY DIFFRACTION98.95
3.27-3.530.32941420.26412616X-RAY DIFFRACTION99.57
3.53-3.880.29081230.22462632X-RAY DIFFRACTION99.64
3.88-4.440.24631250.19562671X-RAY DIFFRACTION99.71
4.44-5.60.25421330.18692655X-RAY DIFFRACTION99.64
5.6-51.840.2231290.19782748X-RAY DIFFRACTION99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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